Родился в 1956 году в городе Уфа. В 1973 году закончил уфимскую среднюю школу № 62. В 1979 году закончил с отличием физический факультет МГУ имени М.В. Ломоносова на кафедре математики . В 1982 году закончил аспирантуру ИПМ АН СССР и защитил кандидатскую диссертацию, в 1990 году - докторскую. С 1982 года и по настоящее время работает в ИПМ , с 2000 года в должности заместителя директора по науке. В 1985 году Малинецкий стал Лауреатом премии Ленинского комсомола, а в 2002 году был удостоен премии Правительства Российской Федерации в области образования.
В настоящее время Малинецкий Георгий Геннадиевич - Доктор физико-математических наук, профессор. Бывший заместитель директора Института прикладной математики (ИПМ) им. М. В. Келдыша РАН, руководитель сектора «Нелинейная динамика» ИПМ. Координатор Проекта «Системный анализ и математическое моделирование мировой динамики» Программы фундаментальных исследований Президиума РАН «Экономика и социология знания», совместно с А. А. Акаевым и А. В. Коротаевым. Член редакционной коллегии журнала Рефлексивные процессы и управление и альманаха История и Математика. Редактор серии «Синергетика: из прошлого в будущее» издательства «УРСС». Вице-президент Нанотехнологического общества России (ntsr.info). Один из основоположников клиодинамики. Автор более 350 научных работ.