Владимир Малиновский родился в 1952 году в городе Рязань. Трудовую деятельность начал в 1970 году, в качестве почтальона по сопровождению и обмену почты Астраханского отделения Министерства связи Советского Союза. Позже, работал учеником резальщика и резальщиком типографии издательства «Волга» города Астрахань.
В 1976 году, Малиновский успешно окончил Воронежский ордена Ленина государственный университет имени Ленинского комсомола по специальности «Правоведение». Непосредственно по окончании ВУЗа, приступил к работе в органах прокуратуры. С 1976 по 1978 год, являлся стажером и следователем прокуратуры Наримановского района города Астрахань.
На протяжении 1978 года, служил прокурором следственного отдела прокуратуры Астраханской области. Затем, занимал должность заместителя начальника следственного отдела прокуратуры вышеуказанного региона. С 1984 по 1989 год, Владимир Владимирович являлся прокурором Трусовского и Кировского района города Астрахань.
В период с 1989 по 2001 год, замещал пост первого заместителя прокурора Хабаровского края. Позднее, с 2001 по 2002 год, являлся прокурором Еврейской автономной области.
Начиная с 2002 года возглавлял прокуратуру Хабаровского края.
Впоследствии, в 2006 году, Малиновский Владимир Владимирович назначен на должность заместителя Генерального прокурора Российской Федерации.
Государственный советник юстиции I класса. Отмечен государственными наградами.
Совет Федерации 23 июля 2019 года освободил Владимира Малиновского от должности заместителя генерального прокурора РФ в связи с его выходом на пенсию за выслугу лет.