Российский военный деятель. Герой Российской Федерации. Генерал-майор. Заместитель командующего группировкой федеральных войск «Север» в Чеченской Республике. Заместитель начальника управления боевой подготовки Ленинградского военного округа. Начальник отдела боевой подготовки 58-й армии Северо-Кавказского военного округа.
Михаил Малофеев родился 25 мая 1956 года в городе Ломоносов, Ленинградская область. В 1977 году окончил Ленинградское высшее общевойсковое командное училище имени С. М. Кирова. Служил командиром взвода, роты, начальником штаба батальона. Проходил службу в Группе советских войск в Германии, после чего переведен в Закавказский военный округ, а через два с половиной года вместе с полком на два года убыл в Туркестанский военный округ.
В 1989 году Малофеев окончил Военную академию имени М. В. Фрунзе и назначен на должность командира батальона в Заполярье. Последовательно занимал должности заместителя командира полка, начальника штаба, командира полка и заместителя командира дивизии. В 1995 году назначен командиром 134 мотострелкового полка 45 мотострелковой дивизии. Принимал участие в восстановлении конституционного порядка в Чеченской республике.
С декабря 1997 года полковник Малофеев служил на должности командира 138-й отдельной гвардейской Краснознамённой Ленинградско-Красносельской мотострелковой бригады Ленинградского военного округа, и в последующем стал заместителем начальника управления боевой подготовки Ленинградского военного округа. С 1999 года принимал участие в антитеррористической операции на Северном Кавказе, занимая пост начальника отдела боевой подготовки 58-й армии Северо-Кавказского военного округа - заместителя командующего группировкой федеральных войск «Север» в Чеченской Республике.
В январе 2000 года генерал-майору Малофееву поручены разработка и проведение специальной операции по овладению зданиями Грозненского консервного завода. Операция имела стратегическое значение для дальнейшего продвижения федеральных сил к центру столицы Чечни. В ходе операции 17 января Михаил Малофеев погиб. Похоронен с воинскими почестями на Никольском кладбище Александро-Невской лавры Санкт-Петербурга.
Указом Президента РФ от 9 февраля 2000 года за мужество и героизм, проявленные при ликвидации незаконных вооруженных формирований в Северо-Кавказском регионе, генерал-майору Малофееву Михаилу Юрьевичу посмертно присвоено звание Героя РФ.
Имя героя носит школа № 429 города Ломоносов, которую он окончил.
На могиле героя открыт памятник.
Почтовая марка, посвященная Малофееву.
По ходатайству и при непосредственном участии поискового отряда «ЛЕНПЕХ - ПЕТЕРГОФ» в рейс вышел электропоезд ЭТ2М - 051 имени Героя России Михаила Юрьевича Малофеева. Курсирует с Балтийского вокзала по Балтийской железной дороге до Ораниенбаума и Гатчины