Алла Манилова родилась 16 июля 1957 года в городе Санкт-Петербург. После школы, в 1979 году с отличием окончила факультет журналистики Санкт-Петербургского государственного университета. Карьеру журналиста начала в 1980 году в качестве корреспондента еженедельника «Светлана». Вскоре, заняла должность заведующей отделом, а потом заместителя редактора.
С 1988 года по 1990 год работала специальным корреспондентом, членом редакционной коллегии газеты «Ленинградская правда». В 1990 году была назначена заместителем, а затем первым заместителем главного редактора газеты «Невское время».
В 1994 году была избрана главным редактором газеты «Невское время» и занимала эту должность до 2003 года. Лауреат премии «Золотое перо». Председатель Лиги журналистов Санкт-Петербурга.
В 1996 году активно участвовала в избирательной кампании Анатолия Собчака.
В 2003 году входила в избирательный штаб Валентины Матвиенко на выборах Губернатора Санкт-Петербруга.
С 21 октября 2003 года работала председателем Комитета по печати и взаимодействию со средствами массовой информации. В том же году вошла в Правительство Санкт-Петербурга.
В дальнейшем избиралась президентом Лиги журналистов Санкт-Петербурга, Ассоциации СМИ Северо-Запада, членом Правления Союза журналистов.
В 2005-2011 годах избиралась вице-президентом Российского книжного союза, председателем совета директоров газеты «Санкт-Петербургские ведомости», ОАО «Санкт-Петербургский Дом книги», ОАО «Информационно-издательский центр Правительства Санкт-Петербурга „Петроцентр“», ОАО «Городское агентство по телевидению и радиовещанию», входила в совет директоров ОАО «Телерадиокомпания „Петербург — Пятый канал“».
Неоднократно становилась председателем профессионального жюри конкурса журналистского мастерства Северо-Запада «СеЗаМ» и председателем государственной аттестационной комиссии факультета журналистики Санкт-Петербургского государственного университета.
Была председателем Издательского совета Санкт-Петербурга, председателем Топонимической комиссии Санкт-Петербурга, президентом Федерации танцевального спорта Санкт-Петербурга.
4 июня 2008 года Алла Манилова была назначена вице-губернатором Санкт-Петербурга. Курировала сферы культуры, образования, науки, средств массовой информации, молодёжной политики и взаимодействия с общественными организациями.
После ухода Валентины Матвиенко с поста губернатора в сентябре 2011 года Алла Манилова сложила полномочия по собственному желанию.
В январе 2012 года начала работать в аппарате правительства РФ.
С июля 2012 года Алла Юрьевна занимает должность заместителя министра культуры Российской Федерации. Координирует работу Федерального агентства по туризму, а также непосредственно координирует и контролирует деятельность Департамента международного сотрудничества, Департамента туризма и региональной политики.
В 2014 году ей был присвоен чин Действительного государственного советника России 3 класса.
С 26 июня 2018 года была назначена статс-секретарем – заместителем министра культуры РФ.
Награждена орденом Почета, орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени. Отмечена Почетной грамотой президента РФ. Имеет медаль «За вклад в создание Евразийского экономического союза» III степени - Высший совет Евразийского экономического союза.
За разработку концепции развития образовательных центров науки и технологий для школьников и создание в городе Санкт-Петербурге интерактивной композиции «Музей оптики», была удостоена премии правительства РФ в области образования. Лауреат премии Союза журналистов СССР, обладатель премии «Золотое перо».
Указом Президента России Владимира Путина №534 от 7 ноября 2017 года ей был присвоен классный чин государственной гражданской службы «Действительный государственный советник Российской Федерации 1 класса».
С 2018 года Алла Манилова занимает должность статс-секретаря - заместителя Министра культуры Российской Федерации.
Заместитель Министра культуры России Алла Манилова 28 ноября 2019 года награждена Номерной звездой Ордена «За гражданские заслуги» короля Испании Филиппа VI. Торжественная церемония состоялась в московской резиденции посла Испании Фернандо Вальдеррама Парехи.
С 25 апреля 2023 года Алла Манилова назначена генеральным директором Государственного Русского музея.
Номерная звезда Ордена «За гражданские заслуги» короля Испании Филиппа VI (28 ноября 2019 года)
Орден Дружбы (2019)
Орден «За заслуги перед Итальянской Республикой» (2017)
Почетная грамота Президента Российской Федерации (2015)
Медаль имени А.М.Горчакова за вклад в международное сотрудничество (2009)
Орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени (2007)
Премия «Золотое перо» (2007)
Орден Почета (2004)
Медаль «За вклад в создание Евразийского экономического союза» III степени - Высший совет Евразийского экономического союза
Благодарности Президента Российской Федерации
Благодарности Председателя Совета Федерации
Нагрудный знак Министерства культуры РФ «За вклад в российскую культуру»
Медаль «В память 300-летия Санкт-Петербурга»
Медаль «К 300-летию СПБ» (2003)
Премия Союза журналистов СССР (1984, 1989)