Мануэл II родился 19 марта 1889 года в городе Лиссабон, Португалия. Является вторым сыном короля Карлуша I и Амелии Орлеанской. В возрасте девятнадцати лет вступил на престол после убийства отца и старшего брата престолонаследника Луиша Филипе 1 февраля 1908 года. Сам получил легкое ранение при этом покушении.

Вступив на престол, Мануэл II уволил диктаторское правительство. Затем назначил демократические выборы, на которых решительную победу одержали социалисты и республиканцы. Через два года, в 1910 году свергнут в результате революции, Португалия провозглашена республикой.

После свержения бывший король жил в эмиграции, где написал книгу о средневековой португальской литературе. Умер Мануэл II 2 июля 1932 года в Великобритании в возрасте сорока трех лет. Похоронен в Пантеоне дома Браганса.

 Семья