Масао Кисимото родился в октябре 1881 года в Японии. В 1922 году назначен губернатором префектуры Акита. В 1924 году являлся губернатором префектуры Ямагата.
Через некоторое время в 1927 году Кисимото занял должность губернатора префектуры Окаяма. С 1928 по 1929 год находился на аналогичном посту в префектуре Хиросима.
Масао Кисимото 17 декабря 1931 года назначен директором Агентства Карафуто. Освобожден от занимаемой должности 5 июля 1932 года.
Карафуто стал территорией Японской империи после русско-японской войны, когда часть Сахалина к югу от 50° северной широты отдана от Российской империи в рамках Портсмутского договора 1905 года. Территория являлась внешней, а в 1943 году превращена во «Внутреннюю землю» японского метрополя.
Масао Кисимото умер 20 мая 1963 года.