Член Президиума Российской академии наук.
Геннадий Матишов родился 1 января 1945 года в поселке Преображение, Приморский край. В 1962 году окончил Кагальницкую среднюю школу в Ростовской области, затем до 1967 года учился в Ростовском государственном университете, по специальности географ-геоморфолог. В студенческие годы учился у одного из ведущих советских ученых в области геоморфологии Мирового океана, профессора Д.Г. Панова. Впоследствии защитил докторскую диссертацию.
После срочной службы в армии, проходившей в Закавказском военном округе, работал в Полярном научно-исследовательском институте морского рыбного хозяйства и океанографии в должности младшего научного сотрудника лаборатории геологии моря. С 1973 по 1979 года руководил лабораторией морской геологии ПИНРО.
С июня 1981 года занимает должность Директора Мурманского морского биологического института Кольского научного центра Российской академии наук. С 1984 года институт стал головной организацией проекта «Баренцево море» в рамках программы Государственного комитета по науке и технике «Мировой океан». В реализации проекта участвовало свыше 30 организаций. Расширилась география исследований института, стали регулярными экспедиции по трассе Севморпути, в Азовском, Черном, Каспийском, Балтийском и Охотском морях.
В 2006 году стал организатором и научным руководителем Института социально-экономических и гуманитарных исследований Южного научного центра РАН. Внес неоценимый вклад в организацию исследований как на арктических морях, так и на Юге России. Принципиально новым научно-практическим направлением его деятельности стало изучение социально-политических проблем, угроз и рисков на Юге России.
Геннадий Матишов является действительным членом РАН по Отделению океанологии, физики атмосферы и географии. Член Президиума РАН. Признанный новатор по многим вопросам геоморфологии, палеогеографии, биоокеанологии. Под руководством и при непосредственном участии ученого издано шесть томов «Атласа социально-политических проблем, угроз и рисков Юга России», получивших высокую оценку в федеральных и региональных органах власти.
Геннадий Григорьевич также активно участвует в жизни села Кагальник Ростовской области. Под его началом построили мощную научно-экспедиционную базу ЮНЦ, Музей казачества, этнографии и культуры Приазовья. Автор более тысячи публикаций теоретической и научно-практической направленности. Написал книги об истории донских казаков, о событиях Великой Отечественной войны на Юге России, о современном военно-политическом кризисе в Украине.
За большой вклад в развитие отечественной науки удостоен многих орденов: «Знак Почета», Почета и Дружбы, «За морские заслуги», «За заслуги перед Отечеством» IV степени, «За заслуги перед Ростовской областью»; и медалей: «Ветеран труда», «300 лет Российскому Флоту», «За морские заслуги в Арктике» и других. Почетный работник науки и техники РФ.
Лауреат премии Правительства РФ в области науки и техники за разработку, научное обоснование и внедрение прогрессивных технологий для создания эколого-геологических основ природопользования Западно-Арктического шельфа России; премии РАН имени О.Ю. Шмидта. Отмечен многими Почетными грамотами, дипломом Русского географического общества, Благодарственным письмом полномочного представителя Президента РФ в Южном Федеральном округе.