Юрий Епифанов родился 3 марта 1955 года в поселке Востряково, Московская область. В период с 1976 по 1979 год, молодой человек учился в Московской духовной семинарии. По окончании семинарии, продолжил обучение в МДА, которую так же, успешно окончил в 1983 году.

С 1983 года, Епифанов являлся референтом и личным секретарем митрополита Ленинградского Алексия, впоследствии Патриарха Московского и всея Руси. Далее, 28 августа 1984 года рукоположен во диакона. По прошествии двух лет, 28 августа 1986 года священнослужитель рукоположен во иерея. С 1988 года, служил в Свято-Троицком соборе Александро-Невской лавры. В конце сентября 1989 года, Юрий Епифанов пострижен в монашество, а 5 октября того же года, в Свято-Троицком соборе Александро-Невской лавры хиротонисан во епископа Ладожского.

Впоследствии, 20 июля 1990 года, религиозный деятель назначен на должность епископа Истринского, викарием Московской епархии. С 1994 по 1997 год, являлся председателем Научно-редакционного совета по изданию «Истории Русской Церкви» митрополита Макария. В феврале 1997 года, служитель церкви возведен в сан архиепископа. Курировал приходы, духовенство и приходские советы города Москва. С 1998 года, со дня основания, возглавляет Научно-редакционный совет по изданию «Православной энциклопедии».

Распоряжением Святейшего Патриарха Кирилла от 31 декабря 2011 года, Арсений назначен управляющим Центральным викариатством в границах Центрального административного округа города Москва и Южного викариатства в границах Южного административного округа. В феврале 2014 года, за Божественной литургией в Храме Христа Спасителя в городе Москва, Святейшим Патриархом Кириллом возведен в сан митрополита.

Позже, решением Священного Синода от 24 декабря 2015 года включен в состав Высшего Церковного Совета Русской Православной Церкви. Является Председателем Комиссии по церковному имуществу и землевладениям при Епархиальном совете города Москва.