Борис Пушкарь родился 8 ноября 1938 года в селе Хороль, Приморский край. В 1947 году семья переехала в город Владивосток. В 1957 году, юноша окончил среднюю школу. Некоторое время работал рабочим на Дальзаводе и нес послушание алтарника в храме города Владивосток.

В период с 1959 по 1963 год, Пушкарь обучался в Московской духовной семинарии, а с 1963 по 1967 год - в Московской духовной академии. Защитил кандидатскую диссертацию по кафедре основного богословия на тему «Доказательство бытия Божия и бессмертия души в философской системе Канта и анализ их на основании христианского мировоззрения». Получил степень кандидата богословия и остался при академии профессорским стипендиатом.

С 1967 года, Борис Пушкарь являлся преподавателем Библейской истории и читал лекции по основному богословию и логике. В 1976 году, священнослужитель защитил звание доцента Московской духовной академии. Далее, в 1988 году, ректором Московской Духовной Академии архиепископом Александром рукоположен во сан диакона, а позднее - во иерея.

Впоследствии, в 1992 году, служитель церкви возведен в сан протоиерея. В середине августа того же года, решением Священного Синода избран епископом Владивостокским и Приморским, а13 сентября 1992 года, Пушкарь пострижен в монашество с именем Вениамин в честь священномученика Вениамина, митрополита Петроградского и Гдовского. В конце сентября того же года, священник возведен в сан архимандрита.

Позднее, священнослужитель хиротонисан во епископа Владивостокского и Приморского в Богоявленском кафедральном соборе города Москва. Хиротонию совершили Святейший Патриарх Алексий II в сослужении митрополитов Крутицкого и Коломенского Ювеналия, Волоколамского и Юрьевского Питирима, архиепископа Солнечногорского Сергия, епископов Истринского Арсения, Дмитровского Филарета, Подольского Виктора.

С 27 июля по 6 октября 2011 где, являлся временным управляющим Арсеньевской епархией. Решением Священного Синода от 5-6 октября 2011 года, назначен главой новообразованной Приморской митрополии, а 8 октября того же года - возведен в сан митрополита. Вскоре, утвержден в должности настоятеля - священноархимандрита Свято-Троицкого Николаевского мужского монастыря расположенного в поселке Горные Ключи, Приморский край.