Михаил Мизинцев родился 10 сентября 1962 года в деревне Аверинская, Вологодской области. В 1980 году окончил Калининское суворовское военное училище. С 1980 по 1984 год проходил обучение в Киевском высшем общевойсковом командном училище.
По окончанию училища с 1984 по 1989 год назначен командиром разведывательного взвода, командиром разведывательной роты танкового полка танковой дивизии в Группе советских войск в Германии. С 1989 по 1990 год в Западной группе войск служил начальником штаба, являлся заместителем командира разведывательного батальона танковой дивизии общевойсковой армии.
С 1990 по 1991 год Михаил Евгеньевич исполнял обязанности начальника разведки мотострелкового полка мотострелковой дивизии общевойсковой армии. В 1991 году в течение трех лет служил командиром мотострелкового батальона в Закавказском военном округе.
С 1993 по 1996 год Мизинцев являлся слушателем Военной академии имени М. В. Фрунзе. По окончанию академии, с 1996 в течение пяти лет носил звание старшего офицер-оператора Главного оперативного управления Генерального штаба Вооруженных Сил РФ. С 2003 по 2007 год выполнял обязанности начальника группы Главного оперативного управления Генерального штаба ВС РФ.
В 2007 году Михаила Евгеньевича назначили на должность заместителя начальника штаба Московского военного округа, где он трудился до 2010 года. С 2010 по 2011 год переведен на должность заместителя начальника штаба Северо-Кавказского военного округа. В 2011 в течение года являлся заместителем начальника штаба Южного военного округа.
В августе 2012 года Мизинцев назначен начальником Центрального командного пункта Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации.
С 2014 года Михаил Мизинцев исполняет обязанности начальника Национального центра управления обороной Российской Федерации с момента его создания.
Указом президента Российской Федерации 22 февраля 2014 года Михаилу Евгеньевичу Мизинцеву присвоено воинское звание «генерал-лейтенант».
Министр обороны РФ генерал армии Сергей Шойгу 22 декабря 2014 года вручил личный штандарт начальнику Национального центра управления обороной Мизинцеву.
Орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени с изображением мечей
Орден Жукова
Орден Почёта
Орден «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» III степени
Медали СССР
Медали РФ
Почетный гражданин Сямженского муниципального района