Мухаммед Фарах Айдид родился 15 декабря 1934 года в городе Беледуэйн, Сомали. Будущий генерал принадлежал к племенной группе хабар гедир, части клана хавийя. Получил военное образование, затем учился в пехотной школе Италии.
По возвращении на родину стал начальником полиции в столице страны, Могадишо, а затем начальником штаба в центре военной подготовки. После получения Сомали независимости служил в национальной армии, где впоследствии стал генералом. С 1960 года, на протяжении трех лет проходил курс обучения в Москве.
В годы правления Сиада Барре провел шесть лет в тюрьме без суда и следствия. Принимал участие в войне с Эфиопией. В 1984 году Сиад Барре назначил Айдида послом в Индии. Однако в 1989 году Айдид покинул Барре, чтобы выступить с вооруженной оппозицией против его режима.
Фарах формирует военное крыло Объединенного сомалийского конгресса. При поддержке Эфиопии, Айдид образует альянсы с различными оппозиционными группами. В результате гражданской войны Барре свергнут в январе 1991 года. После этого у Айдида возник конфликт с другим лидером повстанцев Али Махди Мухаммедом по поводу того, кто из них должен стать новым президентом страны. Это привело к возобновлению боевых действий осенью 1991 года.
В ходе продолжающейся гражданской войны в Сомали прекратили существование все государственные институты, а также разрушена практически вся социальная инфраструктура, что привело к голоду, жертвами которого стали порядка 300 тысяч человек.
Попытки ООН оказать гуманитарную помощь Сомали окончились провалом - в условиях всеобщего хаоса в стране гуманитарные колонны часто подвергались разграблению. В декабре 1992 года многонациональные силы под эгидой ООН и во главе с США начали вооруженную интервенцию в Сомали с целью обеспечить безопасную доставку гуманитарной помощи. После успешного достижения этой цели ООН взяла на себя ответственность за политическое будущее страны, выступив в роли посредника между Айдидом и Мухаммедом.
Подозревая ООН в предвзятости и в целом негативно относясь к международному вмешательству во внутренние дела Сомали, Айдид в июне 1993 года организовал серию вооруженных нападений на миротворцев. После этого за его голову назначили вознаграждение в 25 тысяч долларов. Однако попытки войск ООН найти Айдида заканчивались неудачно. В августе в Сомали прибыли военнослужащие американского спецподразделения «Дельта» и 75-го полка рейнджеров, развернувшие охоту за мятежным лидером боевиков.
В начале октября 1993 года спецназ США попал в засаду, организованную Айдидом в Могадишо, что привело к кровопролитному сражению и гибели 20 спецназовцев и миротворцев, а также более 3 000 сомалийцев. Эти события получили широкий резонанс в Соединенных Штатах Америки. В марте 1994 года американские войска выведены из Сомали, а год спустя страну покинули и остальные силы ООН. Гражданская война в Сомали продолжалась. Об этих событиях впоследствии сняли фильм «Черный ястреб».
Весной 1995 года войска Айдида выбиты противником из Беледуэйне. Одновременно с этим усилились противоречия между Айдидом и Османом Атто, ставшим теперь его злейшим врагом. В июне Айдид созвал конференцию по национальному примирению, в ходе которой при поддержке своих сторонников провозгласил себя президентом Сомали. В августе Ливия официально признала правительство генерала Айдида. В следующем месяце вооруженные отряды Айдида предприняли наступление на Байдабо.
В апреле 1996 года генерал Айдид переехал из Байдабо в Могадишо. Прибыв в столицу, Фарах пообещал сомалийцам развернуть масштабную войну против своих противников. В июле его вооруженные части осадили район на юге столицы - Медину, где начались ожесточенные бои с боевиками Али Османа Атто, Муса Суди, Али Махди Мухаммеда и другими.
В конце месяца по радиостанции Али Махди поступило сообщение о тяжелом ранении Айдида в ходе одного из боев. По официальным данным, 24 июля он получил огнестрельные ранения в плечо и печень во время боя в районе Медины, и как сообщалось позже рана в печени оказалась зараженной. Генерал Айдид скончался в 15:30 по местному времени 1 августа 1996 года от сердечного приступа, когда его оперировали.
Согласно исламским обычаям его похоронили на следующий день после смерти в южной части столицы. Тогда же по радио было передано сообщение, что Айдид скончался от полученных ран. После гибели Айдида роль лидера перешла к его сыну Хусейну Фараху Айдиду, однако его фракция уже никогда не играла большого значения в жизни страны. Сын Айдида, Хусейн Мухаммед Фарах, долгое время жил в США, получил американское гражданство.