Российский политический деятель. Сенатор. Действительный тайный советник. Сподвижник Петра I. Первоприсутствующий Московской сенатской конторы (1725-1727). В качестве начальника Монастырского приказа руководил делами Русской православной церкви.

С 1684 по 1687 год Мусин-Пушкин являлся вторым судьей Сибирского приказа. Затем назначен смоленским воеводой. С 1693 года занимал пост воеводы в Астрахани, сумел добиться повышения государственных доходов путем упорядочения сборов, чем заслужил расположение Петра I. Организовал для защиты крепости Терки несколько походов на реку Аграхань, приток реки Сулак, и реки Урал против вольных казаков.

В 1698 году Иван Алексеевич являлся членом след­ст­вен­ной ко­мис­сии о Стре­лец­ком бун­те. Принимал участие в Северной войне, сформировал драгунский полк своего имени из монастырских служителей и московских чинов. В Москве руководил строительством госпиталя, участвовал в укреплении стен Китай-города в преддверии ожидавшегося наступления на город шведской армии.

В 1701 году Петр I восстановил Монастырский приказ и поручил патриаршие, архиерейские и монастырские дела Мусину-Пушкину. Являлся активным сторонником церковной реформы, обеспечил регулярное поступление в государственную казну сборов с архиерейских и монастырских земель, уменьшил расходы на содержание духовенства, участвовал в назначениях епархиальных архиереев, что неоднократно вызывало конфликты с местоблюстителем патриаршего престола Стефаном Яворским.

С 1702 года Иван Мусин-Пушкин являлся руководителем Печатного двора. Организовал переводы многих иностранных книг на русский язык и осуществил издания книг по военному делу, истории, географии новым гражданским шрифтом. Согласно указу от 1 февраля 1704 года назначен ответственным за сбор «Сказок торговых людей Московского государства».

В 1709 году Иван Алексеевич Мусин-Пушкин получил чин тайного советника. В Указе от 2 марта 1711 года находился в списке девятерых первых членов учрежденного Сената. В 1717 году стал президентом Штатс-контор-коллегии. В 1718 году в числе других сенаторов подписал приговор царевичу Алексею. Состоял в составе «Вышнего суда» по делу Петра Шафирова и Григория Скорнякова-Писарева.

После смерти Петра I Мусин-Пушкин выступал за возведение на российский престол его внука, царевича Петра Алексеевича. 

В период с июля 1725 по февраль 1727 года Иван Мусин-Пушкин занимал пост первоприсутствующего Московской сенатской конторы. Затем заведовал Монетным двором.

В 1728 году Мусин-Пушкин отошел от дел, а в следующем году вышел в отставку. В период междуцарствия приглашен на заседание Верховного тайного совета, предложил увеличить число его членов. В числе других дворян 25 февраля 1730 года подписал прошение на имя императрицы Анны Ивановны о ликвидации Верховного тайного совета и восстановлении самодержавия.

Иван Алексеевич Мусин-Пушкин умер 21 июля 1730 года.

Отец - Алексей Богданович Мусин-Пушкин, комнатный стольник царя Алексея Михайловича

Жена - Мавра Тимофеевна Савелова, племянница патриарха Московского Иоакима; ее отец, Тимофей Петрович, был стольником, патриаршим боярином.

Дети:
Александр (1680-1709), убит в Полтавской битве
Платон (1698-1745), сенатор
Аполлос (1700-1716)
Эпафродит (ум. 16.10.1733), у него сын Аполлос
Клеопатра (ум. 1734), замужем (с 1721) за князем Ю. Н. Репниным (1701-1744)
Елизавета, замужем за князем сенатором П. А. Голицыным