Виталий Наумкин родился 21 мая 1945 года в городе Екатеринбург, Свердловская область. В 1968 году с отличием окончил историко-филологический факультет Институт стран Азии и Африки Московского государственного университета имени Ломоносова. Специализировался на изучении истории арабских стран и арабского языка. С 1966 по 1967 год стажировался в Каирском университете и Американском университете в Каире.
В период с 1968 по 1970 год Наумкин служил на офицерских должностях в армии, преподавал в Военном институте иностранных языков. Уже в те годы входил в группу лучших синхронных переводчиков страны, регулярно работал на мероприятиях с участием высшего партийно-правительственного руководства. После демобилизации, учился в очной аспирантуре Института стран Азии и Африки, защитил кандидатскую диссертацию по доктрине Абу Хамида аль-Газали.
В 1972 году Виталий Наумкин начал преподавать средневековую историю арабского мира, исламоведение и современное политическое развитие арабских стран в Институте стран Азии и Африки при Московском государственном университете имени Ломоносова. В этот же период работал в Высшей школе общественных наук в Народной Демократической Республике Йемен и занимался исследованием Йемена. В 1981 году защитил докторскую диссертацию на тему «Национальный фронт в борьбе за независимость Южного Йемена».
Виталий Вячеславович в 1984 году перешел на работу в Институт востоковедения Российской Академии наук, где стал заведующим сектором, затем заведующим Отделом арабских стран. С 1989 по 1994 год являлся заместителем директора Института. Впоследствии занял должность руководителем Центра арабских исследований. С 2003 года возглавляет кафедру регионоведения факультета мировой политики Московского государственного университета имени Ломоносова. Выступал с лекциями во многих университетах мира.
В 2004 году Наумкин стал стипендиатом Фонда Рокфеллера в Центре Белладжио. Являлся организатором и участником множества международных научных конференций, семинаров, «круглых столов». Часто выступает со статьями на страницах российских и зарубежных газет и журналов, с комментариями на российских и ведущих зарубежных телеканалах. Для российского телеканала «Россия сегодня» на арабском языке создал серию документальных фильмов под названием «Россия и арабы», завоевавших популярность в арабских странах.
Его многочисленные труды, опубликованные в России, США, Великобритании и других европейских странах, а также в странах Ближнего и Среднего Востока на русском, арабском, английском и других языках, принесли широкую международную известность в качестве одного из ведущих специалистов по Арабскому Востоку, Центральной Азии и Кавказу.
Виталий Наумкин в 2009 году стал директором Институт востоковедения Российской Академии наук. В 2010 году избран президентом Общества востоковедов России. С 2015 года занимает пост научного руководителя Института востоковедения РАН. Входит в состав научного совета Российского совета по международным делам. Является членом Британского общества ближневосточных исследований, Международного института стратегических исследований, Международного совета Института исследований глобального мира и политики Тода.
Виталий Вячеславович Наумкин 12 июня 2019 года награжден Государственной премией Российской Федерации в области науки и технологий за выдающийся вклад в востоковедение.
Виталий Наумкин 22 октября 2019 года назначен старшим политическим советником спецпосланника генерального секретаря ООН по Сирии Гейра Педерсена.
Орден Дружбы (13 марта 2006 года) - за достигнутые успехи и многолетний добросовестный труд
Орден Дружбы (Таджикистан) - за вклад в межтаджикское урегулирование.
Медаль «В память 1000-летия Казани»
Благодарность Президента Российской Федерации (18 января 2010 года) - за активное участие в научно-исследовательской, публицистической и популяризаторской работе по противодействию фальсификации истории в ущерб интересам России
Грамота Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации - за вклад в развитие отношений с государствами СНГ.
Государственная премия Российской Федерации в области науки и технологий 2018 года (10 июня 2019 года) - за выдающийся вклад в востоковедение (арабистика и исламоведение)
Орден «Аль-Фахр» Совета муфтиев России.
Премия имени С. Ф. Ольденбурга РАН (2015) - за монографию «Острова архипелага Сокотра (экспедиции 1974-2010 гг.)».
Премия Виктора Посувалюка МИД России и ИТАР-ТАСС за достижения в области международной журналистики (2010)
Нагрудный знак МИД России «За взаимодействие» (2014) - за вклад в продвижение интересов России на Ближнем Востоке
Основные работы Виталия Наумкина
Там, где возрождалась птица Феникс. - М., 1977.
Национальный фронт в борьбе за независимость Южного Йемена и национальную демократию 1963-1969. - M.: Наука, 1980.
Абу Хамид ал-Газали. Ихйа Улум ад-Дин / перевод с арабского, исследование и комментарий. - М.: Наука, 1980.
Очерки этнолингвистики Сокотры (в соавторстве с В. Я. Порхомовским). - М.: Наука, 1981.
«Египет и египтяне: вчера и сегодня». Предисловие к книге: Э. У. Лэйн, Нравы и обычаи египтян в первой половине XIX века. - М.: «Наука», 1982.
Сокотрийцы. Историко-этнографический очерк. - М.: Наука, 1988.
Новейшая история арабских стран Азии и Африки в 2-х томах (отв. ред. и соавтор). - М.: Наука, 1989-1990.
Island of the Phoenix (an ethnographic study of Socotra), Reading: Ithaca, 1993.
Central Asia: State, Religion, Society, Reading: Ithaca, 1993 (editor and co-author).
Central Asia and Transcaucasia: Ethnicity and Conflict, Westport: Greenwood, 1994 (editor and co-author).
Ближневосточный конфликт. - Т. 1-2. - М.: «Материк», 2003.
Red Wolves of Yemen, Cambridge: Oleander, 2004.
Radical Islam in Central Asia: Between Pen and Rifle, Boulder: Rowman and Littlefield, 2005.
Ислам и мусульмане: культура и политика. - М.-Н. Новгород: Медина, 2008.
Абу Хамид аль-Газали, «Правильные весы» / перевод с арабского, исследование и комментарий. - М.: ИВ РАН, 2008.
История Востока. - Т. 6 (1945-2000). - М.: Наука, 2008. (Ответственный редактор).
Ближний Восток в мировой политике и культуре. - М.: ИВ РАН, 2011.
The Archipelago of Socotra: Expeditions of 1974-2010, Moscow: Slavyanskiye Yazyki, 2012;
Политические трансформации «нестабильных государств» СНГ: Доклад по материалам круглого стола (Факультет мировой политики МГУ им. М. В. Ломоносова, 24 апреля 2013 г.) / сост. Д. Б. Малышева / Центр политических систем и культур, Фак-т мировой политики МГУ им. М. В. Ломоносова. - М.: Ин-т востоковедения РАН, 2013. - 34 с.
Махатхир бин Мохамад о современном мире (беседа с Виталием Наумкиным). - М.: Институт Востоковедения РАН, 2013.
Арабский мир, ислам и Россия: прошлое и настоящее. Избранные главы, статьи, лекции, доклады / отв. ред. В. Я. Белокреницкий и И. Д. Звягельская. - М.: Институт востоковедения РАН, 2013. - 528 с.
Ал-Багдади, ‘Абд ал-Латиф. ОПИСАНИЕ ЕГИПТА НАЧАЛА XIII ВЕКА. Книга уведомления и рассмотрения дел виденных и событий засвидетельствованных на земле Египта / предисл. В. В. Наумкина; пер. с арабского, комм. и указатели В. В. Наумкина и А. Г. Недвецкого. - Изд. 2-е, испр., доп. - М.: Институт востоковедения РАН, 2013. - 312 с.: факсимиле.
Конфликты и войны XXI века: Ближний Восток и Северная Африка. Отв. редактор и автор главы: «Исламский радикализм и внешнее вмешательство в глубоко разделенных обществах Ближнего Востока», с. 25-52. М., 2015.
Насильственные конфликты и внешнее вмешательство на Ближнем и Среднем Востоке через призму теории глубоко разделенных обществ. С. 415-443 // Политическая наука перед вызовами глобального и регионального развития. Серия «Российская политическая наука». Истоки и перспективы. Под общ. ред. О. В. Гаман-Голутвиной. М., Аспект Пресс, 2016.