Непе́ин Серге́й Арсе́ньевич родился 22 сентября 1870 года в Вологде. Происходил из старинного вологодского рода, основателем которого считался первый русский посол в Англии Осип Непея.
Закончил Вологодскую духовную семинарию, был помощником заведующего Вологодским епархиальным древлехранилищем и членом-сотрудником Церковно-археологической комиссии любителей истории и древностей. Непеин - автор множества уникальных фотографий северных храмов, разрушенных впоследствии при советской власти.
Краеведением занимался и его сын Алексей Сергеевич, издавший более 50 статей и заметок на эти темы, а также подготовивший к изданию «Археологический указатель к „Вологодским епархиальным ведомостям“ за 50 лет их существования: 1864-1914».
Умер 27 июня 1911 года в Вологде. Похоронен на Горбачёвском кладбище.