Никон являлся одним из первых сподвижников преподобного Антония Печерского, основателя Киево-Печерского монастыря, к которому пришел не позднее 1058 года, уже будучи иереем и монахом. Постригал в обители всех новоприходящих иноков, в их числе Феодосия Печерского. На данном этапе жизни фактически являлся лидером монахов Киевской Руси.
Пострижение в начале 1060-х годов в монахи великокняжеского придворного Ефрема и боярского сына Варлаама навлекало на обитель Антония и особенно на Никона сильное негодование великого князя киевского Изяслава. В итоге конфликт завершился разгромом монашеской обители воинами княжеского боярина Иоанна, отца Варлаама.
После конфликта в 1061 году Никон и другой чернец из монастыря святого Мины, в прошлом боярин, ушли из Киево-Печерского монастыря, желая поселиться отдельно от других. Отправились вниз по Днепру на берег Черного моря и там разлучились: боярин отправился на остров по пути к Константинополю, а Никон - на «остров Тмутороканский» и там нашел «место свободное вблизи города», где и обосновался. Летописец основал церковь и монастырь святой Богородицы, почитая за образец себе Печерский монастырь.
В борьбе за Тмутаракань между князем Глебом, сыном Святослава Ярославича, и Ростиславом, сыном Владимира Ярославича, Никон поддержал последнего, а также сблизился с воеводой Вышатой, сыном Остромира. Однако в феврале 1067 года Ростислава отравил византийский наместник из Херсонеса.
В 1067 году Никон отправился к Святославу с поручением жителей Тмутаракани добиться поставления в город нового князя вместо умершего Ростислава. По пути посетил Киево-Печерский монастырь, где игуменом к тому времени являлся Феодосий, упросивший Никона вернуться. Доехал с князем Глебом до Тмутаракани, уладил монастырские дела и в 1068 году вернулся к Феодосию.
После возвращения Никон «со всей радостью» подчинялся Феодосию, а игумен очень любил его, «почитая словно отца», часто ему поручал братьев, «ибо был он среди них самый старший». Когда Феодосий «поучал братию в церкви духовными словами», то просил Никона «прочесть что-либо из книг в наставление братии».
В этот период в Киево-Печерском монастыре определилось несколько групп, различавшихся в зависимости от характера монашеской практики и политических симпатий. Мистико-аскетическое направление возглавлял Антоний. Второе направление возглавлял Феодосий, который выступал за общежитийную практику монашеской жизни и за строгое соблюдение канонов. Никон не относился ни к «антониевской», ни к «феодосьевской» группировкам: являлся самостоятельным лидером, «книжником», который на несколько десятилетий опередил развитие монастыря.
В период междоусобицы с 1073 по 1077 год, когда Изяслав изгнан из Киева Святославом и Всеволодом, Никон вынужден снова на несколько лет уехать в Тмутаракань. Вернулся в монастырь лишь после смерти Феодосия и возвращения Изяслава.
В 1078 году Никон избран игуменом Печерского монастыря. Старался продолжить все начинания Феодосия и описывается как строгий, но отходчивый начальник братии. Этот период отмечается продолжением распрей среди монахов, которые начались еще при Феодосии и Стефане. В летописи говорится о побоях, которые игумен учинял некоторым монахам. Те, в свою очередь, не подчинялись установлениям и иногда видели на месте Никона осла.
Под надзором Никона в 1083 году великая Печерская церковь украшена византийскими мастерами иконами и мозаикой, и здесь начал свою работу первый известный русский иконописец Алипий Печерский.
Умер Никон Печерский 5 апреля 1088 года. Погребен в Киево-Печерском монастыре.
«Корсунская легенда»
Статьи, написанные Никоном, основанные на сведениях из Тмутаракани и рассказах Вышаты о событиях в Новгороде :
1021-1026 и 1036 О князе Мстиславе.
1038-1043 Послал Ярослав сына своего Владимира на греков и дал ему много воинов, а воеводство поручил Вышате
Статьи об усобицах, написанные Никоном как очевидцем:
1044 Всеслав… сел на столе, мать же родила его от волхвования. Когда мать родила его, на голове его оказалось язвено, и сказали волхвы матери его: «Это язвено навяжи на него, пусть носит его до смерти». И носит его на себе Всеслав и до сего дня; оттого и не милостив на кровопролитие.
1065-1069
1068 Описание восстания в Киеве: И стали люди роптать на воеводу Коснячка; пошли на гору с веча, и пришли на двор Коснячков, и, не найдя его, стали у двора Брячислава, и сказали: «Пойдем освободим дружину свою из темницы». И разделились надвое: половина их пошла к темнице, а половина их пошла по мосту, эти и пришли на княжеский двор. Изяслав в это время на сенях совет держал с дружиной своей, и заспорили с князем те, кто стоял внизу. Когда же князь смотрел из оконца, а дружина стояла возле него, сказал Тукы, брат Чудина, Изяславу: «Видишь, князь, люди расшумелись; пошли, пусть постерегут Всеслава». И пока он это говорил, другая половина людей пришла от темницы, отворив её. И сказала дружина князю: «Злое содеялось; пошли ко Всеславу, пусть, подозвав его обманом к оконцу, пронзят мечом». И не послушал того князь. Люди же закричали и пошли к темнице Всеслава. Изяслав же, видя это, побежал со Всеволодом со двора, люди же освободили Всеслава из поруба — в 15-й день сентября — и прославили его среди княжеского двора. Двор же княжий разграбили — бесчисленное множество золота и серебра, в монетах и слитках.
Статьи о церковных делах, написанные Никоном как очевидцем:
1072 Перенесли святых страстотерпцев Бориса и Глеба. …И митрополита объял ужас, ибо не твердо верил он в них (Бориса и Глеба); и пал ниц, прося прощения. Поцеловав мощи Борисовы, уложили их в гроб каменный. После того, взяв Глеба в каменном гробу, поставили на сани и, взявшись за веревки, повезли его. Когда были уже в дверях, остановился гроб и не шёл дальше. …И управлял тогда Вышгородом Чудин, а церковью Лазарь.
1073 В этот же год основана была церковь Печерская игуменом Феодосием и епископом Михаилом, а митрополит Георгий был тогда в земле Греческой…
Посмертные характеристики князей, о которых писал Никон, данные в одном стиле:
1036 Был же Мстислав могуч телом, красив лицом, с большими очами, храбр на ратях, милостив, любил дружину без меры, имения для неё не щадил, ни в питье, ни в пище ничего не запрещал ей. (Никон лично не знал князя, но слышал о нём от его дружинников).
1066 Был Ростислав муж доблестный, воинственный, прекрасен сложением и красив лицом и милостив к убогим.
1078 Был же Глеб милостив к убогим и любил странников, радел о церквах, горячо веровал, был кроток и лицом красив.
1078 Был же Изяслав муж красив видом и телом велик, незлобив нравом, ложь ненавидел, любя правду. Ибо не было в нём хитрости, но был прост умом, не воздавал злом за зло.
1086 О Ярополке: Так был блаженный князь этот тих, кроток, смирен и братолюбив, десятину давал святой Богородице от всего своего достояния ежегодно и всегда молил Бога…
Статья, в которой дано подробное топографическое описание и названы «современники» Никона:
1078 Убит был Иван Жирославич и Тукы, Чудинов брат, и Порей, и иные многие… И так как черниговцы не отворили ворот, то приступили к городу. Владимир же приступил к восточным воротам от Стрижени, и захватил ворота, и взял внешний город, и пожег его, люди же вбежали во внутренний город.
Последняя статья в период жизни Никона, в которой встречается маркер «до сего дня»:
1079 И возвратился Роман с половцами назад, и убили его половцы, месяца августа во 2-й день. И доселе ещё лежат кости его там, сына Святослава, внука Ярослава.
Память совершается
15 марта (переходящая) - Собор всех Киево-Печерских преподобных отцов
5 апреля
11 октября - Собор Киево-Печерских преподобных, в Ближних пещерах