Александр Никонов родился 13 августа 1964 года в городе Москва. Известен как приверженец и популяризатор научного скептицизма, в некоторых своих книгах он также пропагандирует либерализм в экономике и общественной жизни и остро критикует «политкорректность». Космополит. Председатель Атеистического общества Москвы.
Лауреат премий Союза журналистов Москвы за 2002 год и Союза журналистов России за 2001 год, дважды лауреат премии журнала «Огонек». За вклад в отечественную культуру награжден государственной наградой - медалью Пушкина. В 2005 году за книгу «Апгрейд обезьяны» получил Беляевскую премию. Лауреат премии «Нонконформизм-2010» за роман «Анна Каренина, самка».
Он активно пропагандировал в 1990 годах ненормативную лексику. Совместно с Дмитрием Быковым издал 1 апреля 1995 года приложение к еженедельнику «Собеседник» - «матерную газету» «Мать», вел соответствующую колонку в газете «Новый Взгляд», был фигурантом уголовного дела за употребление нецензурных выражений в печати. Главы его первой книги публиковались в газете «Новый Взгляд» и журнале «Секрет&Тайна».
В сентябре 2009 года прокуратура Санкт-Петербурга предписала изъять книгу Никонова «Апгрейд обезьяны» из продажи. Спустя год вышло переиздание «Апгрейда» под названием «Венец творения в интерьере мироздания», дополненная и улучшенная по сравнению с оригинальной книгой и без скандальной главы про наркотики.
В феврале 2010 года Общественная палата Российской Федерации и СЖР обсудили статью Никонова под названием «Добей, чтоб не мучился», опубликованную в декабре 2009 года газетой «Speed-Инфо», в которой журналист предлагал дать родителям право применять эвтаназию при рождении детей с некоторыми неизлечимыми патологиями мозга, называя таких детей «болванками для будущей личности» и «бракованными дискетами». Публикация вызвала широкий общественный резонанс. В прессе началась критика Никонова. По итогам заседания общественной коллегии по жалобам на прессу Союз журналистов России вынес решение, что статья «находится на грани экстремизма», а также написана «непрофессионально». Некоторые коллеги выступили в защиту журналиста, так как сочли, что нарушается свобода слова.