Сергей Новиков родился 20 февраля 1962 года в городе Кинешма, Ивановская область. В 1985 году окончил Московский физико-технический институт по специальности «Автоматика и электроника» с присвоением квалификации «Инженер-физик».
С 1985 года по 1988 год учился в аспирантуре Московского физико-технического института. Защитив диссертацию в 1988 году, получил ученую степень кандидата технических наук. В 1997 году окончил Институт высших управленческих кадров Академии народного хозяйства при Правительстве РФ по специализации «Общий менеджмент».
Трудовую деятельность Сергей Геннадьевич начинал в московском Научно-исследовательском институте «Полюс» Министерства электронной промышленности, где с 1988 года по 1993 год работал старшим инженером, ведущим инженером, а затем - ведущим инженером-конструктором.
В 1994-1995 годах последовательно занимал позиции экономиста, ведущего экономиста, главного специалиста внутрибанковского расчетного центра по обслуживанию «Нефтяной компании «ЮКОС» Управления по работе с клиентами акционерного банка «Промрадтехбанк». С 1995 года по 1996 год руководил Финансовым управлением акционерного общества открытого типа «Нефтяная компания ЮКОС». В 1996-1997 годах был вице-президентом по финансам и экономике ОАО «Восточно-Сибирская нефтегазовая компания».
С 1997 года по 1998 год Сергей Геннадьевич был советником Министра, заместителем Министра Министерства топлива и энергетики Российской Федерации. В 1998 году являлся председателем Государственного комитета РФ по государственным резервам - Госкомрезерв России. С 1998 года по 2000 год - заместитель Министра топлива и энергетики РФ.
В 2000-2004 годах был первым заместителем полномочного представителя Президента РФ в Приволжском федеральном округе Администрации Президента РФ. На эту должность был назначен Указом Президента РФ от 2 июля 2000 года. Курировал вопросы финансовой политики, финансового оздоровления, антимонопольной политики. Координировал деятельность окружной контрольной инспекции и работу главных федеральных инспекторов.
Следующие одиннадцать лет, с 2004 года по 2015 год, Новиков Сергей Геннадьевич руководил Федеральной службой по тарифам Российской Федерации. В 2007 году ему был присвоен классный чин Действительного государственного советника Российской Федерации I класса.
В 2015 году Новиков пришел в Государственную корпорацию «Росатом». С 16 декабря 2015 года был назначен советником генерального директора Госкорпорации по атомной энергии «Росатом». C 24 марта 2016 года занимал должность заместителя генерального директора по экономическому анализу и планированию Госкорпорации «Росатом».
Новиков Сергей Геннадьевич с 28 августа 2017 года назначен на должность статс-секретаря - заместителя генерального директора по обеспечению государственных полномочий и бюджетного процесса Госкорпорации «Росатом».
Награжден многими государственными и ведомственными наградами.