Ойген Блейлер родился 30 апреля 1857 года в Швейцарии. Изучал медицину в Цюрихе, позже учился в Париже, Лондоне и Мюнхене, после чего возвратился на родину, чтобы работать в университетской больнице.
В 1886 году Блейлер стал директором психиатрической клиники в Райнау, которая находилась в старом монастыре на острове. Клиника переживала не лучшие времена, и Блейлер сделал всё, чтобы улучшить условия жизни пациентов. После он был переведен обратно в клинику при университете Цюриха.
В 1890 году Блейлер заинтересовался работами Зигмунда Фрейда и высоко оценил его исследования истерии. Как и Фрейд, Блейлер полагал, что большую роль в умственной деятельности человека играет бессознательное. Какое-то время Блейлер даже консультировался с Фрейдом по поводу своих собственных психологических проблем. Поддержка Блейлера, как главы одной из самых известных психиатрических клиник, имела большое значение для признания и развития психоанализа как одного из методов диагностики и лечения психиатрических заболеваний. К 1911 году Блейлер разочаровался во Фрейде и его трудах.
Особую известность Блейлеру принесло изучение шизофрении и признание её самостоятельным заболеванием - ранее она считалась одним из вариантов слабоумия. Он ввёл новый термин, происходящий от греческих слов схезо и френос. Его заслугой является и исследование симптомов шизофрении. Именно Блейлер ввёл такие термины как раздвоение личности, аутизм и синестезия.
Умер Ойген Блейлер 15 июля 1939 года в Цолликорне под Цюрихом.