Алексей Овчинников родился 4 марта 1950 года в селе Горный Балыкей Волгоградской области. В 1973 молодой человек окончил Волгоградский сельскохозяйственный институт по специальности «Гидромелиорация» с присвоением квалификации инженера-гидротехника. Позднее, получил научную степень Доктор сельскохозяйственных наук, профессор. Является член-корреспондентом Российской академии наук.
До поступления в институт, Овчинников работал на ремонтно-механическом заводе слесарем-инструментальщиком и руководителем танцевального коллектива Балыклейского Дома Культуры. После получения высшего образования служил в рядах Советской Армии.
Пройдя службу, работал ассистентом, кафедры сельскохозяйственного водоснабжения Волгоградского сельскохозяйственного института с 1975 года. Спустя несколько лет стал старшим преподавателем, доцентом кафедры технологии гидромелиоративных работ и комплексного использования водных ресурсов Волгоградского СХИ. С 1987 года работал доцентом кафедры мелиоративного и водохозяйственного строительства.
В 1992 году занимает должность проректора по воспитательной работе, доцента кафедры мелиоративного и водохозяйственного строительства Волгоградского СХИ. Позднее, Алексей Семенович стал Деканом эколого-мелиоративного факультета Волгоградской государственной сельскохозяйственной академии.
Начиная с 1998 года являлся заведующим кафедрой сельскохозяйственного водоснабжения. В 2003 году получил должность Ректора Волгоградского государственного аграрного университета.
Алексей Семенович 14 сентября 2014 года избран депутатом волгоградской областной думы V созыва. Заместитель председателя комитетa по аграрным вопросам, охране окружающей среды и природопользованию. Член ВПП «Единая Россия».
Награжден медалью «Ветеран труда», «Орденом Дружбы». Получил почетное звание «Заслуженный работник высшей школы Российской Федерации» и «Почетный работник агропромышленного комплекса России».