Сергей Пахарев родился 25 сентября 1955 года в поселке Красноборск, Вологодская область. Трудовую деятельность начал в 1978 году, в объединенной больнице Колпинского района города Санкт-Петербург. В 1979 году, успешно окончил Первый Ленинградский медицинский институт имени академика Павлова по специальности «Лечебное дело». Непосредственно по окончании ВУЗа, занял должность врача-интерна Череповецкой городской больницы.
Далее, с 1980 года, Пахарев замещал должность Главврача Белоручейской больницы.
Позже, являлся врачом-хирургом Ковжинской районной больницы № 2, а в 1987 году, возглавил вышеуказанное учреждение здравоохранения.
С 1992 по 2009 год, опытный управленец занимал пост Главного врача Белоручейской участковой больницы и по совместительству работал в качестве врача-хирурга.
Параллельно с трудовой и научной деятельностью, принимает активное участие в политической жизни региона. Избирался депутатом поселкового совета в селе Анненский Мост. Являлся депутатом Вологодского областного Совета народных депутатов и депутатом Представительного Собрания Вытегорского муниципального района.
Затем, на выборах 11 марта 2007 года, избран депутатом Законодательного Собрания Вологодской Области по Бабаевскому избирательному округу №11, а на выборах 4 декабря 2011 года, вновь избран депутатом ЗСВО.
Впоследствии, 18 сентября 2016 года, Пахарев Сергей Михайлович избран депутатом Законодательного Собрания Вологодской Области IX созыва по Вытегорскому одномандатному избирательному округу № 14. Является членом постоянного комитета Законодательного Собрания области по социальной политике. Входит в состав фракции партии «Единая Россия».