Елена Панфилова родилась 18 декабря 1967 года в городе Москва. Окончила в 1989 году исторический факультет МГУ, после чего работала научным сотрудником в Институте независимых социальных исследований.
В 1994-1997 годы - помощник руководителя программы в IRIS-центре, совместного проекта Агентства международного развития США с Институтом экономики переходного периода. В 1997 году, после получения второго высшего образования на факультете политологии в Дипломатической академии МИД России, была соискателем степени кандидата политических наук.
В 1997-1998 годы - исследователь в Центре международных исследований в Монтеррее. В 1999-2000 годы - эксперт, руководитель программы Организации экономического сотрудничества и развития.
В 2000 году создала российский филиал международной антикоррупционной организации Transparency International. До 2014 года была руководителем отделения, в 2011 году вошла в правление глобальной организации, а в 2014 году избрана вице-президентом Transparency International.
В 2009-2012 годы являлась членом Совета при Президенте России по развитию институтов гражданского общества и правам человека. С 2012 года выходит в правительственную комиссию по координации деятельности открытого правительства.
По состоянию на 2015 является заведующей проектно-учебной лаборатории антикоррупционной политики НИУ ВШЭ, читает два курса: «Основы антикоррупционной политики» и «Стратегии противодействия коррупции» в этом же университете.
Выступления, комментарии и интервью Панфиловой неоднократно публиковались на ведущих российских средствах массовой информации, среди которых Ведомости, Коммерсантъ, Slon Magazine, Новая газета, в декабре 2014 была приглашенным гостем телепередачи «Познер».