Марк Пекарский родился 26 декабря 1940 года в городе Москва. Музыкой занимался с детства. В 1969 году окончил Государственный музыкально-педагогический институт имени Гнесиных по классу профессора В.П.Штеймана. До середины 1960 играл в Государственном симфоническом оркестре радио и телевидения, в 1965-1990 в ансамбле «Мадригал».
С 1973 преподает в училище имени Ипполитова-Иванова, в 1993-1996 годах - в Академии имени Маймонида. В 1976 основал активно выступающий до настоящего времени собственный ансамбль ударных инструментов. С 1997 - преподаватель кафедры струнных, духовых и ударных инструментов факультета исторического и современного исполнительства Московской консерватории, ныне также преподает в Гнесинской школе.
Является членом Союза московских композиторов.
Ведет активную концертную деятельность более 50 лет. В качестве солиста с оркестром работал с Дрезденским, Хельсинкским, Туринским, оркестром Нидерландского радио, Санкт-Петербургским, Минским, Уральским, Новосибирским, Большим симфоническим оркестром имени П.И.Чайковского и многими другими симфоническими оркестрами.
Автор нескольких десятков статей и книг «Назад к Волконскому вперед», «Нотация мультиперкуссии» М.: «Композитор», 2006; «Жизнь и любовь барабанного организма»