Пьер Поль Прюдон родился 4 апреля 1758 года в небольшом городке Клюни, Франция. До 1780 года учился у Ф. Девожа в Дижоне, затем до 1783 года - в Королевской академии живописи и скульптуры в Париже.
В 1784-1789 годах он посетил Италию и испытал сильное воздействие античного искусства, живописи Леонардо да Винчи и Антонио Корреджо.
Писал картины и панно, выполнял портреты, работал как иллюстратор и литограф. Общественное признание пришло к Прюдону в 1803 году, когда он получил заказ на выполнение ряда декоративных работ в Лувре. Ему покровительствовала императрица Жозефина; в 1805 году он написал ее портрет, который сейчас находится в Лувре.
В творчестве Прюдона черты позднего классицизма сочетаются с интимностью, грацией и живописной мягкостью, унаследованными от искусства 18 века. Вместе с тем в ряде произведений, проникнутых экзальтацией или сентиментальностью, Прюдон предвосхищает настроения, свойственные искусству романтизма.
Источник сюжетов многих произведений Прюдона - античная мифология. Его картины написаны в мягкой, изящной манере и отличаются тонкостью передачи настроения. Среди его произведений: «Любовь, соблазняющая Невинность» (Париж, Лувр), «Правосудие и Божественное Возмездие, преследующие Преступление», «Похищение Психеи» (обе 1808 Лувр) и «Сон Психеи» (Шантийи, музей Конде).
Прюдон был замечательным рисовальщиком - его многочисленные рисунки, выполненные мелом на цветной бумаге, хранятся в музее Конде в Шантийи и в Лувре, и одним из лучших портретистов своего времени.
Пьер Поль Прюдон скончался в городе Париж 14 февраля 1823 года.