Екатерина Пешкова родилась 7 августа 1984 года в городе Красноярск.
Окончила Красноярский государственный университет, по специальности «юриспруденция», с присвоением квалификации «юрист». Трудовую деятельность начала в период обучения в ВУЗе в качестве телеведущей одного из городских телевизионных каналов.
Начиная с 2006 года, Пешкова занималась адвокатской практикой в некоммерческом партнерстве «Красноярская городская коллегия адвокатов». Параллельно, работала ведущей на телеканалах «Прима-ТВ» и «Афонтово».
С 2010 года занимала должности заместителя начальника отдела и начальника отдела протокола и обслуживания делегаций управления делами Губернатора и Правительства Красноярского края. В 2011 году, Екатерина Пешкова назначена заместителем управляющего делами - начальником отдела протокола и обслуживания делегаций данного управления.
В 2012 году перешла на должность заместителя Губернатора Красноярского края.
С 2014 года служила помощником руководителя Федерального агентства научных организаций и начальником Административного управления Федерального агентства научных организаций.
В июле 2018 года была назначена на должность директора Административного департамента Министерства науки и высшего образования РФ.
В феврале 2020 года возглавила Департамент организационного обеспечения и коммуникаций министерства экономического развития России. В 2021 году ее сменил Назим Султанов.
Отец - Сергей Пешков, депутат городского совета города Красноярск.
Мать - Ольга Пешкова, начальник правового отдела управления губернатора Красноярского края
Брат - Максим Пешков, экс-заместитель министра природных ресурсов Красноярского края Елены Вавиловой