Владимир Попондопуло родился 29 февраля 1952 года в станице Абинская, Краснодарский край. В 1977 году окончил юридический факультет Дальневосточного государственного университета.
С 1978 года учился в очной аспирантуре на кафедре гражданского права Ленинградского государственного университета, сначала под научным руководством профессора О.С.Иоффе, а затем - профессора В.Т.Смирнова. В 1981 году защитил кандидатскую диссертацию «Динамика обязательственного правоотношения и гражданско-правовая ответственность».
В 1977-1978, а затем в 1981-1983 годах работал ассистентом кафедры гражданского права и процесса ДВГУ. С 1983 года по 1984 год - преподаватель Высшего политического училища МВД СССР. С 1984 года по настоящее время - ассистент кафедры гражданского права ЛГУ; ассистент, старший преподаватель, доцент кафедры хозяйственного права ЛГУ; доцент, профессор, заведующий кафедрой коммерческого права СПбГУ.
В 1991 году присвоено научное звание доцента. В 1992 году избран, а в 1997 и 2002 годы переизбран на должность заведующего кафедрой коммерческого права СПбГУ. В 1994 году защитил докторскую диссертацию «Проблемы правового режима предпринимательства». В 1996 году присвоено научное звание профессора.
С 2016 года - председатель Федерального учебно-методического объединения в системе высшего образования по укрупненной группе специальностей и направлений подготовки «40.00.00 Юриспруденция».