Евгений Пригожин родился 1 июня 1961 года в городе Ленинграде (ныне — Санкт-Петербург). В 1977 году окончил спортивную школу-интернат № 62 (современный колледж Олимпийского резерва № 1). Занимался лыжными гонками, к которым его приучил отчим — тренер по лыжному спорту Самуил Фридманович Жаркой.
В 1990 году организовал в Ленинграде сеть по продаже хот-догов. В 1993 году стал управляющим сети супермаркетов «Контраст», которая за два года выросла до 10 магазинов. В 1995 году открыл бар-магазин «Винный клуб» на Васильевском острове.
В декабре 1996 года вместе с партнёрами открыл первый в Петербурге элитный ресторан «Старая таможня» в здании Зоологического института РАН. В 1996 году открыл кейтеринговое направление — компанию «Конкорд Кейтеринг».
Весной 1998 года Пригожин открыл ресторан «New Island», ставший популярным местом у финансовой и политической элиты: летом 1999 года в нём встречались Сергей Степашин и глава-распорядитель МВФ Мишель Камдессю; в 2001 году на борту «New Island» проходил ужин президентов России и Франции Владимира Путина и Жака Ширака; в мае 2002 года Владимир Путин принимал Джорджа Буша-младшего; осенью 2003 года Путин отмечал на судне день рождения.
С 2002 года по 2012 год развивал сеть быстрого питания «Блин! Дональтс». Сеть была ориентирована на широкие слои населения, предлагая «русский фастфуд», в том числе получивший известность «квадрососисон», и к 2008 году выросла до 10 заведений, послужив основой для создания Пригожиным формата комбинатов питания. В 2011 году закрылся последний из восьми ресторанов сети.
С 2000-х годов участвует в строительных проектах.
С 2010 года компания, принадлежащая жене Пригожина, арендует Дом торгового товарищества «Братья Елисеевы». После реконструкции в нём разместился «Магазин купцов Елисеевых».
Деятельность компании «Конкорд»
Летом 2016 года компания добилась права приватизировать здание за 740 млн рублей. В районе Лахты компания «Конкорд» возвела жилой комплекс «Северный Версаль» из 45 трёхэтажных домов в стиле архитектуры Петербурга XVIII—XIX веков со своей парковой зоной. Проект особо отмечал первый губернатор Петербурга Владимир Яковлев.
В 2016 году издание «Фонтанка.ру» писало, что комплекс дополнительно огородил территорию площадью 7,5 га и тем самым закрыл проход к Лахтинскому разливу, что является противозаконным. В 2008 году компания Евгения Пригожина получила участок рядом с парком 300-летия Петербурга для строительства Центра водного туризма на Приморском проспекте. В 2011 году компания подала иск к Правительству города, требуя признать незаконным затягивание выделения участка. В 2012 году суды трёх инстанций подтвердили права инвестора. К марту 2016 года компания возвела комплекс «Лахта Плаза» из шести жилых зданий общей площадью 41,9 тысяч м². В 2011 году «Конкорд» получил разрешение на строительство «медико-реабилитационного центра» площадью около 56 тыс. м². В 2015 году компания сдала 18 трёхэтажных зданий на 490 апартаментов, 60 трёхэтажных коттеджей, SPA-центр с фитнес-зоной и рестораном.
В июле 2015 года «РБК» писал, что за период c конца 2014 года по середину 2015 года структуры «Конкорда» выиграли тендеры на 10,3 млрд рублей на уборку в казармах и учебных заведениях Минобороны. Связанная с Пригожиным компания «Мегалайн» получила контракт на 3,3 млрд рублей и с сентября 2015 года строила военную базу в Валуйках Белгородской области. Эта же компания выиграла конкурс на быстровозводимый военный городок за 161,6 млн рублей в поселке Светлом в Омской области. Осенью 2015 года ряд компаний, которые, как считается, связаны с «Конкордом», выиграли тендеры, которые объявила дочерняя компания Минобороны. По контракту компании должны взять на себя за 26 миллиардов рублей жилищно-коммунальное обслуживание военных городков в Московской, Брянской и Тверской областях. Всего в 2015 году все компании, связанные с Евгением Пригожиным, по оценке РБК, получили контракты Минобороны на услуги кейтеринга, уборки и строительства на 68,6 млрд рублей.
30 октября 2019 года основной актив Евгения Пригожина — компания «Комбинат питания „Конкорд“» была разделена на две равные части между ним и 27-летней томской юристкой Екатериной Росликовой.
19 июля 2023 года компания «Конкорд Менеджмент и Консалтинг» была зарегистрирована в деревне Цель Осиповичского района Могилёвской области. Именно там находится лагерь, куда после мятежа в России приехали наёмники ЧВК «Вагнер»
В 2018 году Владимир Путин в интервью журналистам (Мегин Келли из NBC и Армину Вольфу из ORF) подтвердил, что лично знаком с Пригожиным, но отрицал его связь с государством, сравнив Пригожина с предпринимателем Джорджем Соросом.
Летом 2016 издание «Фонтанка.ру» связывало Евгения Пригожина с руководителем Группы Вагнера — Дмитрием Уткиным. Среди окружения последнего был обнаружен глава службы безопасности одной из фирм предпринимателя Евгений Гуляев. Согласно The Bell, ЧВК финансировалась за счёт доходов от госконтрактов Евгения Пригожина.
В 2014—2015 годах частная военная компания Вагнера участвовала в столкновениях на территориях Донецкой и Луганской областей Украины. С осени 2015 года ЧВК Вагнера принимает участие в сирийской кампании, в частности — участвовала в освобождении Пальмиры. В июне 2017 года ЧВК Вагнера была включена в санкционный список США.
26 сентября 2022 года пресс-служба компании «Конкорд» опубликовала письмо, в котором Евгений Пригожин подтвердил факт того, что является создателем ЧВК «Вагнер». В качестве даты образования группы он назвал 1 мая 2014 года: её изначальный костяк составляли русские добровольцы, желавшие отправиться в Донбасс. Пригожин заявил, что в предыдущие годы старался не афишировать свою связь с «Вагнером», чтобы не подставить никого из членов группы.
В конце октября 2022 года в малоизвестных телеграмм-каналах впервые появилась информация о появлении в Санкт-Петербурге «ЧВК Вагнер Центра». Позднее, 29 и 31 октября Евгений Пригожин через свою пресс-службу подтвердил информацию о создании такого центра, а также заявил, что его открытие намечено на 4 ноября 2022 года. Центр расположен в здании бизнес-центра «Морская столица» в Невском районе Санкт-Петербурга.
ЧВК Вагнер принимала активное участие в специальной военной операции на Украине, эффективно решая боевые задачи.
Вечером 23 июня пресс-служба основателя ЧВК «Вагнер» Евгения Пригожина распространила аудиосообщения, в которых господин Пригожин обвинил Минобороны в ударе по лагерю ЧВК и сказал, что 25 тыс. человек идут «разбираться, почему в стране творится беспредел».
Колонны «марша справедливости» дошли до Ростова-на-Дону. Действия ЧВК Вагнер президент Владимир Путин оценил как вооруженный мятеж. К 25 июня происшествие разрешилось при участии президента Белоруссии. В результате подразделения покинули город, возбуждение уголовных дел было отменено, а ЧВК Вагнер ушла из России в Белоруссию.