Евгений Прохоров родился 26 сентября 1962 года в городе Константиновск, Ростовской области. В 1985 году закончил Таганрогский государственный радиотехнический институт, по специальности «Конструирование и производство радиоаппаратуры». После окончания института работал инженером-конструктором радиоаппаратуры в КНИИ РИА «Ритм».
В период с 1993 года по 1996 год Прохоров Евгений работал в коммерческих структурах. С 1996 года перешел на работу в администрацию муниципального образования город Краснодар.
В 2000 году Евгений Леонидович получил дополнительное образование, успешно окончив Северо-Кавказскую академию государственной службы города Ростов-на-Дону, по специальности «Государственное и муниципальное управление».
С 2004 года в течении семи лет являлся начальником управления информатизации администрации муниципального образования город Краснодар. С 2011 года по 2012 год работал на должности руководитель управления информатизации и связи Краснодарского края.
С 2013 по 2014 год Евгений Прохоров занимал должность начальника отдела управления ИТ проектами дирекции по организации и проведению Гран-При России Формулы 1.
В период с 2014 года по 2015 год занимал пост руководителя вычислительного центра АУ Ханты-Мансийского автономного округа - Югры «Югорский научно-исследовательский институт информационных технологий», заместителем директора департамента информационных технологий Ханты-Мансийского автономного округа - Югры.
Прохоров Евгений леонидович занимает должность начальника управления информационно-коммуникационных технологий и связи администрации МО город Краснодар.
Имеет государственные награды и знаки отличия.
Женат, двое детей.