С 1986 года по 1991 год Рахматуллина - аспирант кафедры этики, эстетики и культурологии БГУ. С 1991 года по 1996 год - ассистент, старший преподаватель, доцент кафедры этики, эстетики и культурологии БГУ. С 1996 года по 1999 год - докторант кафедры философии БГУ. В 2000 году - доцент кафедры философии, заведующая кафедрой культуры мира БГУ.

С 2000 года по 2002 год - заведующая кафедрой ЮНЕСКО БГУ. С 2002 года по 2004 год Зугура Рахматуллина заведующая кафедрой этики, эстетики и культурологии, профессор БГУ. С 2004 года по 2006 год - министр образования Республики Башкортостан. С 2006 года по 2010 год - заведующая кафедрой этики, эстетики и культурологии (ЮНЕСКО) факультета философии и социологии БГУ.

С 2010 года по 2011 год - Заместитель Премьер-министра Правительства Республики Башкортостан. С декабря 2011 года Депутат Государственной Думы Федерального собрания Российской Федерации. Заместитель председателя комитета ГД по культуре. Аакадемик РАЕН, профессор кафедры этики, эстетики и культурологии факультета философии и социологии БГУ. Имеет почетное звание - «Заслуженный деятель науки Республики Башкортостан».

На выборах 18 сентября 2016 года Рахматуллина Зугура Ягануровна была избрана Депутатом Государственной Думы VII созыва от избирательного округа 0005, Белорецкий - Республика Башкортостан. Член фракции «Единая Россия». Член комитета ГД по делам национальностей. Дата начала полномочий - 5 октября 2016 года.