Юрий Рубин родился 17 мая 1956 года в городе Кемерово. В 1978 году окончил с отличием экономический факультет Ростовского государственного университета. В 1982 году защитил кандидатскую диссертацию, в 1991 году - докторскую диссертацию на тему «Особенности монополизма в советской экономике».
В так называемый «советский» период в Российской истории, любые исследования проблемы монополизма и конкуренции были под запретом, запрет был снят лишь в конце 80 годов прошлого века. Докторская диссертация Ю.Б.Рубина была, по сути, первым системным исследованием проблем, имевших и имеющих огромное значение для развития современной Российской экономики.
В 1993 году Высшей аттестационной комиссией Российской Федерации присвоено ученое звание профессора. С 1978 года Ю.Б.Рубин занимался преподавательской деятельностью в различных вузах страны, одновременно в конце 80 годов в период «перестройки» активно участвовал в различных предпринимательских проектах, самым известным из которых стал издательский проект «Портфель делового человека». С 1992 года работал проректором по учебной работе и УМО Московского государственного университета экономики статистики и информатики. Является создателем и ректором Московской финансово-промышленной академии.
Юрий Борисович Рубин является инициатором возрождения «Общества любителей коммерческих знаний» - наиболее авторитетной известной организации, занимавшейся попечительством в сфере частного образования в Российской Империи. С 2012 года президент Национальной ассоциации по обучению предпринимательству.
Ю.Б.Рубин состоит в Российском союзе ректоров, является председателем Общественного совета гарантий качества высшего образования и заместителем председателя Экспертного совета по вопросам доступности и качества образования при Комитете Государственной Думы по образованию, в 2004 - 2013 годах входил в состав Аккредитационной коллегии Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки.
Является членом Экспертного совета при Федеральной антимонопольной службе России по развитию конкуренции в сфере образования и науки, является членом совета директоров Европейского фонда гарантии качества электронного обучения и консультативного комитета Международной конференции «Online Educa Berlin». С 2009 года Ю.Б.Рубин - председатель Подкомитета № 6 «Обеспечение качества электронного обучения» Технического комитета 461 «Информационно-коммуникационные технологии в образовании», являющегося постоянным представителем России в Международной организации по стандартизации ISO.
Главный редактор журнала «Современная конкуренция», член редакционного совета журнала «Прикладная информатика», редакционной коллегии журнала «Прикладная эконометрика», Председатель редакционного совета журнала «Качество образования».
Основные направления исследовательской работы Ю.Б.Рубина - теория ценности, теория и практика конкуренции, теория и практика профессионального предпринимательства, антимонопольное регулирование экономики, концепция предпринимательских университетов, нормативно-правовое обеспечение системы образования, конкурентоспособность ВПО, теория и практика электронного обучения, формирование системы гарантии качества образования и независимой общественно-профессиональной оценки качества российского образования. Ю.Б.Рубин заведует кафедрой Теории и практики конкуренции в МФПУ "Синергия". Под его научным руководством успешно защищены 31 кандидатсих и 4 докторских диссертации.
Является автором первых в России учебников по управлению собственным бизнесом и конкуренции в предпринимательстве. Под руководством Ю.Б.Рубина был разработан терминологический аппарат конкуренции в предпринимательстве.