Сергей Рыбаков родился 5 июня 1968 года в селе Великово, Владимирская область. В 1985 году молодой человек получил диплом Калининского Суворовского военного училища. Затем до 1989 года учился в Санкт-Петербургском высшем военно-политическом училище противовоздушной обороны по специальности «учитель истории и обществоведения». С 1989 года на протяжении семи лет Сергей Евгеньевич проходил военную службу в частях Московского округа Противовоздушной обороны.
С 2001 года Рыбаков работал в Администрации Президента России. В это же время успешно защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора философских наук в Московском Государственном Университете имени Ломоносова, впоследствии получил звание профессора.
Через два года Сергея Евгеньевича назначили на должность советника Министра обороны России по связям с общественностью и средствами массовой информации. В 2004 году занял пост начальника Управления информации и общественных связей, заместителя директора Аппарата Министра обороны России. Удостоен звания Генерал-майор Вооруженных Сил России.
В 2012 году Рыбакова избрали главным федеральным инспектором по Владимирской области. Через год назначен первым заместителем Губернатора Владимирской области.
Правительством Владимирской области Сергей Рыбаков делегирован в Совет Федерации. Наделен полномочиями с 25 сентября 2013 года. Занимал должность заместителя председателя Комитета Совета Федерации по науке, образованию и культуре.
В конце октября 2018 года, после истечения депутатский полномочий в Совете Федерации России Сергей Евгеньевич назначен на должность Председателя Правления Ассоциации развития исторических поселений «Русская провинция».
Женат, имеет сына.