Эмма Сапегина в 1971 году окончила Одесский медицинский институт имени Н.И. Пирогова. После окончания ВУЗа начала профессиональный путь врачом-офтальмологом Одесского института глазных болезней и тканевой терапии имени В.П. Филатова.

С 1971 по 1973 года работала врачом-окулистом Поликлиники №53 города Санкт-Петербург. Затем, до 1980 года трудилась в глазном отделении городской Мариинской больницы.

В период с 1980 по 1988 года Сапегина являлась ассистентом кафедры глазных болезней Санкт-Петербургского государственного педиатрического медицинского университета.

Эмма Лазаревна с 1988 по 2011 занимала пост заместителя Директора по лечебной работе Санкт-Петербургского филиала Федерального государственного автономного учреждения «Межотраслевой научно-технический комплекс «Микрохирургия глаза» имени академика С.Н. Федорова». За время работы в филиале выполнила около 2500 операций.

В 2008 году успешно защитила диссертацию на соискание ученой степени кандидата медицинских наук в Южном федеральном университете на тему: «Особенности освоения базовых компонентов культуры в системе дополнительного образования детей».

Сапегина Эмма заведует клинико-экспертным отделом Санкт-Петербургского филиала «Микрохирургия глаза» имени академика С.Н. Федорова» Министерства здравоохранения Российской Федерации. Автор более 70 научных работ и нескольких методических рекомендаций. Занимается разработкой хирургических методов лечения острого и хронического кератоконуса. Принимает активное участие в воспитании офтальмохирургов. 

За заслуги в профессиональной деятельности и многолетний добросовестный труд удостоена Почетного звания «Заслуженный врач России». Получила диплом-благодарность Санкт-Петербургской независимой актерской премии имени В. Стржельчика. Лауреат премии имени народного артиста России Андрея Толубеева за помощь артистам в восстановлении или сохранении зрения.