Владимир Шайдуров родился 19 июня 1947 года в городе Томск. В 1965 году окончил среднюю школу с золотой медалью. Окончил механико-математический факультет НГУ.
В 1970 году направлен на работу в Вычислительный центр Сибирского отделения АН СССР.В 1971 году поступил в аспирантуру Вычислительного центра, научный руководитель академик Г.И.Марчук. В 1973 защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук.
В 1976 году переведен на работу в ВЦ СО АН СССР в Красноярск, заведующий лабораторией, заведующий отделом, главный научный сотрудник.
С декабря 1983 года по октябрь 1985 года на освобожденной партийной работе, избранный секретарь партийного комитета КПСС Красноярского филиала СО АН СССР.
С 1985 года снова работает в ВЦ СО АН СССР. Доктор физико-математических наук, профессор. В 1990 году назначен, а в 1991 году избран директором ВЦ СО РАН, ныне Институт вычислительного моделирования СО РАН.В 1997 году избран членом-корреспондентом Российской академии наук.
Область научных интересов - численные методы решения задач математической физики, математическое моделирование, прикладная информатика.
Автор и соавтор 259 научных работ, в том числе учебное пособие и 10 монографий на трех языках.