Илья Шакунов родился 13 августа 1970 года в городе Санкт-Петербург. Ещё в школьные годы он начал учиться в студии актёра Игоря Горбачёва. После окончания школы Илья поступил в Ленинградский медицинский институт, позже перевёлся на факультет вычислительной техники и автоматики в ЛЭТИ (Ленинградский электротехнический институт). Но вскоре он бросил оба учебных заведения, так как хотел связать свою биографию именно со сценой.
Илья Шакунов успешно сдал экзамены в Ленинградский институт театра, музыки и кино и поступил на курс профессора Вениамина Фильштинского.
Илья Шакунов еще во время учебы считался довольно перспективным актером – на четвертом курсе он вышел на сцену петербургского ТЮЗа им. Брянцева в образе Чацкого в постановке «Горе от ума».
После окончания института в 1996 году Илья Шакунов поступил на работу в труппу уже знакомого ТЮЗа – артиста пригласил сам руководитель театра Андрей Андреев. Понадобилось совсем немного времени для того, чтобы Илья стал одним из ведущих актеров театра. В этом театре Шакуновым было сыграно несколько ролей, особо полюбившихся юным зрителям - это и князь из постановки «Русалка», и контрабасист в спектакле «Учитель ритмики», и Генрих из спектакля «Дракон».
Помимо ТЮЗа Шакунов был задействован в постановках Романа Виктюка. Роли актеру достались в спектаклях «Осенние скрипки», «Бабочка, бабочка» и «Путаны».
Актеру довелось поработать в БДТ им. Товстоногова, куда он был приглашен и репетировал несколько недель. Но любовь к ТЮЗу оказалась сильнее, и Илья вернулся в родные стены.
Дебют Ильи Шакунова как киноактера состоялся еще в 1993 году – артист появился в небольшой роли двойника в драме «Сотворение Адама» Юрия Павлова. Затем в течение нескольких лет актеру выпадала возможность поработать в кино. В те годы он снялся в картинах «Про уродов и людей», «Горько!», «Васька Немешаев» и других - широкой известности маленькие эпизодические роли Шакунову не принесли.
Новый этап в кинокарьере Ильи Шакунова наступил с 2000 года. Тогда он сыграл главную роль в картине «Темная ночь» Олега Ковалова. Актер с блеском справился с поставленной задачей и воплотил образ странноватого, умеющего держать интригу фотографа с необычным именем Имант, который воспылал чувствами к маленькой девочке. Картина была представлена на кинофестивалях, где имела успех. При этом критики отзывались о работе Шакунова очень положительно. Оценки массового зрителя ждать не пришлось – картина так и не вышла в прокат.
В 2002 году он снялся в фильмах «Письма к Эльзе», «Каменская 2», «Подружка осень». В следующем году актер появился в картине «Спецназ 2», «Киднеппинг», «Русский ковчег», «Три цвета любви». Сниматься приходилось так часто и помногу, что актер был вынужден почти круглосуточно находиться на съемочной площадке.
Илье Шакунову доводилось воплощать самые разные, не похожие друг на друга образы. За свою актерскую карьеру он играл военных, врачей, бизнесменов, спортсменов и даже маньяков. Сейчас фильмография Ильи Шакунова насчитывает более шести десятков картин.