Юрий Шамалов родился 10 июня 1970 года в городе Санкт-Петербург. Является сыном Шамалова Николая Терентьевича, известного предпринимателя. После окончания школы до 1992 года учился в Высшем военно-морском инженерном училище имени В.И. Ленина. Позднее окончил Всероссийскую Академию внешней торговли Министерства внешних экономических связей Российской Федерации.
С октября 1993 по октябрь 1995 года являлся специалистом I категории отдела развития внешнеторговых связей, ведущим специалистом отдела внешнеторговых связей Управления внешнеэкономических связей Комитета по внешним связям Мэрии города Санкт-Петербург.
Юрий Николаевич с февраля 1997 по июль 2003 года занимал должность коммерческого координатора проекта компании «Сименс», заместителя директора по сбыту Департамента Медикал Солюшенс ООО «Сименс» в городе Москва.
В период с июля по август 2003 года являлся первым вице-президентом Негосударственного пенсионного фонда «Газфонд», принадлежащего «Газпрому». В августе того же года назначен Президентом НПФ «Газфонд». Входит в состав Совета директоров Акционерного общества «Газпром-Медиа Холдинг».