Юрий Шамалов родился 6 февраля 1963 года в Республике Беларусь. После окончания школы с 1982 по 1987 года проходил службу в Вооруженных силах России. Вернувшись из армии, до 1993 года получал высшее образование в Академии управления Министерства Внутренних дел России, по специальности юрист. Также окончил Российский государственный университет нефти и газа имени И.М. Губкина по программе «Менеджер нефтегазового предприятия».
С 1987 по 1991 года Шамалов служил в КГБ СССР. Затем до 2007 года проходил службу в ФСБ Российской Федерации.
Александра Манделя освободили от должности директора ООО «Газфлот» в декабре 2007 года в связи с уходом на пенсию. Решением ОАО «Газпром» Юрий Шамалов назначен на пост Генерального директора ООО «Газфлот».
В 2009 году Юрий Васильевич защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата экономических наук в Северо-западном государственном заочном техническом университете на тему: «Эффективность инновационного развития газодобывающего комплекса на западно-арктическом шельфе России».
Женат. Воспитал двоих детей.