Евгения Шаповалова родилась 15 июня 1986 года в городе Нижний Тагил, Свердловская область. Начала заниматься лыжным спортом еще будучи школьницей. Дебют Евгении в соревнованиях международного уровня, Кубке Мира, состоялся в конце октябре 2006 года. Состязание проходило в немецком городе Дюссельдорф, и юная спортсменка стала 48, участвуя в спринтерской гонке свободным стилем на дистанции 0,8 километров.
В состав сборной России по лыжным гонкам Евгения вошла в 2004 году. Через два года, в декабре 2006 года, в городе Сыктывкар, пришла первой в квалификационном спринтерском забеге, а по итогам финальной гонки заняла почетное третье место, получив бронзовую медаль. В феврале следующего года, выступая в Китайском городе Чанчунь, Шаповалова заняла там призовое 1 место в классическом спринте на дистанции 1,2 километров.
С успехом выступала на российских состязаниях. В 2008 году пришла третьей в спринтерском забеге в свободном стиле. Через четыре года, вернувшись в большой спорт, Евгения блистательно выступила в городе Тюмень, завоевав целый комплект наград: серебряный призер в категории классический спринт, бронзовый призер в командной спринтерской гонке, также завоевала главный приз, золотую медаль в эстафете.
В 2010 и 2014 годах Евгения принимала участие в зимних Олимпийских играх. Чемпион России 2012, 2013 года в эстафете 4х5 километров; 2016 года в спринте свободным стилем и командном спринте классическим стилем.
Международная федерация лыжного спорта в декабре 2017 года пожизненно отстранила от участия в Олимпийских играх Евгению.
Шаповалова выступает за Всероссийское физкультурно-спортивное общество «Динамо». Представляет Ханты-Мансийский автономный округ - Югра и город Нижний Тагил Свердловской области. Выпускница Самарского государственного технического университета. Является мастером спорта международного класса по лыжным гонкам. Тренируется под руководством Д.А. Бугаева. Рост лыжницы 168 сантиметров; вес 57 килограммов.