Русский морской офицер. Первостроитель Владивостока. Генерал-лейтенант.
Алексей Шефнер родился 7 июня 1832 года в городе Санкт-Петербург. В 1846 году поступил юнкером на службу в Балтийский флот. В 1849 году произведен в мичманы и служил на фрегате «Паллада», совершил ряд плаваний в Атлантике и Средиземноморье.
Позднее Шефнер служил на фрегате «Цесаревич» и шхуне «Метеор». В 1853 году на транспорте «Двина» отправился в экспедицию на Камчатку. Участвовал в Крымской войне на Балтике. Служил на кораблях «Святой Георгий Победоносец», «Константин» и пароходофрегате «Олаф». С 1854 года в звании лейтенант.
Алексей Шефнер переведен по личной просьбе в 47-й флотский экипаж Сибирской флотилии. Позднее командовал шхуной «Пурга» в Николаевске-на-Амуре, затем военным транспортом «Манджур», на котором в 1860 году доставил в бухту Золотой Рог команду, основавшую порт Владивосток. За отличие в военных действиях произведен в капитан-лейтенанты. В 1864 году стал капитаном 2 ранга, затем капитаном 1 ранга.
Алексей Карлович отслужил во Владивостоке двадцать лет. В 1878 году произведен в чин контр-адмирала. В должности командира Владивостокского порта руководил строительством судоремонтного производства и поселка моряков к северу от него. В 1886 году назначен директором маяков и лоции Балтийского моря. С 1887 года являлся командиром Петербургского порта. С 1890 года в звании генерал-лейтенанта стал членом Главного военно-морского суда.
Умер Алексей Карлович Шефнер 23 февраля 1891 года в возрасте пятидесяти восьми лет. Похоронен на Новодевичьем кладбище в Санкт-Петербурге.
В 1860 году экспедицией В. М. Бабкина в честь командира транспорта «Манджур» капитан-лейтенанта Алексея Карловича Шефнера назван мыс в заливе Находка
Имя Шефнера носит улица в городе Находка.
Во Владивостоке до революции имя Шефнера носила современная Дальзаводская улица
К 125-летию со дня основания города Авангардная улица была переименована в память Шефнера
Сын - Сергей Алексеевич Шефнер.
Внук - Вадим Шефнер (1914-2002), советский русский поэт и прозаик