Сергей Васильевич Шипоенко родился в г. Улан-Удэ. Получил два высших образования: инженерное — в Сибирском государственном технологическом университете, экономическое — в Новосибирском государственном университете экономики и управления, который окончил с отличием.
Профессиональный путь Сергея Шипоенко связан с крупными промышленными и сервисными предприятиями. С 1999 работал на Улан‑Удэнском локомотивовагоноремонтном заводе - одном из крупнейших предприятий Восточной Сибири и Дальнего Востока (численность более 7 500 сотрудников), где занимал руководящие позиции в производственной и экономической сферах, работал в должности финансового директора.
С 2016 года Сергей Шипоенко занимал должность финансового директора филиала ООО «ТМХ‑Сервис» (с 2017 года — ООО «ЛокоТех‑Сервис»). В этот период также исполнял обязанности директора Челябинского электровозоремонтного завода. Далее последовательно занимал руководящие должности в управляющей компании ООО «ЛокоТех»: директор департамента экономики и бюджетирования, управляющий директор по экономике и финансам, управляющий директор по корпоративному заказу.
С января 2024 года — советник генерального директора АО «Желдорреммаш» по экономике и ценообразованию.
С сентября 2025 года назначен директором по экономике и финансам ООО «ОМК Стальной путь» Объединённой металлургической компании.
Сергей Шипоенко автор и соавтор 19 научных статей по вопросам экономики региона, предприятий и труда, а также проблемам цифровизации экономики. В числе его профессиональных достижений — реализация проектов по оптимизации и автоматизации финансовых процессов, участие в реализации пилотного проекта - Общий центр обслуживания, внедрение современных учётных систем (SAP R/3, 1С:УПП, 1С:ERP), а также лидирование и реализация экономически значимых проектов по бережливому производству.