Шон Бэйкер родился 26 февраля 1971 года в городе Саммит, штат Нью-Джерси, США.
Окончив среднюю школу, Шон поступил в Нью-Йоркский университет, где изучал киноискусство. Бэйкер как режиссер дебютировал в 2000 году, он снял полнометражный фильм под названием «Four Letter Words», в котором также выступил в качестве сценариста и монтажера. Затем Шон вместе с режиссером Цоу Ши-Чином приступил к производству своего второго фильма под названием «Take Out». Фильм был показан на Кинофестивале «Слэмдэнс», Кинофестивале «Asiexpo» в Лионе и на Международном кинофестивале независимого кино в Буэнос-Айресе, где получил много положительных отзывов.
В 2002 году на телеканале «Fox» вышел сериал «Кролик Грег», к которому режиссер написал сценарий. Третий художественный фильм Бэйкера под названием «Prince of Broadway» был снят в 2008 году и был показан на Кинофестивале в Лос-Анджелесе. Но картина вышла в прокат лишь в 2010 году в ограниченном выпуске. После этого Бэйкер вместе со Спенсером Чиной и Дэном Милано создан спин-офф сериала «Кролик Грег» под названием «Warren the Ape», который был показан на телеканале «МТV». Сериал не получил ожидаемого успеха и был закрыт после 12 эпизодов.
После этого, Шон начал работать над фильмами «Старталетка» и «Мандарин». Картина «Мандарин» была полностью снята на смартфон «iPhone 5S». Мировая премьера фильма состоялась 23 января 2015 года на Кинофестивале «Сандэнс». В 2017 году режиссер снял фильм «Проект «Флорида», в котором главную роль сыграл известный актер Уиллем Дефо. В российском прокате фильм появился в 2018 году.