С 1980 года по 1981 год работал на ПО «Вологодский оптико-механический завод» помощником мастера. С 1981 года по 1982 год проходил срочную службу в Советской Армии. Демобилизовавшись, вернулся на «Вологодский оптико-механический завод» помощником мастера. Работал старшим мастером, заместителем начальника цеха и начальником сборочного цеха. В 1990 году стал начальником производства ПО «Вологодский оптико-механический завод».

В конце 1991 года Евгений Шулепов покинул завод и ушел в частный бизнес. С 1991 года по 1993 год был заместителем председателя правления АО «Торговый дом "Ворота Севера"». С 1993 года по 2004 год занимал пост генерального директора созданного им же предприятия «Русьпромсервис», ведущего свою деятельность в различных отраслях экономики.

 В 1998 году Шулепов был награжден дипломом лауреата Всероссийского конкурса предпринимателей и назван в числе 1000 лучших менеджеров России. В числе его наград - диплом президиума Торгово-промышленной палаты РФ, Почетные грамоты Губернатора Вологодской области, Союза архитекторов России, Федеральной службы налоговой полиции, Российского союза промышленников и предпринимателей и другие.

В 2001 году возглавляет Совет директоров Сокольской мебельной фабрики - единственного в России производителя мебели из березы, продукция которой экспортируется за рубеж. В 2005 году в кризисный для ОАО «Вологодский станкостроительный завод» период Евгений Борисович избирается председателем Совета директоров станкозавода. С 2002 по 2008 годы возглавляет баскетбольный клуб «Вологда-Чеваката». В 2003 году был избран председателем Вологодского городского отделения Союза Промышленников и Предпринимателей.

В 2003 году Шулепов избирается депутатом Законодательного Собрания Вологодской области, активно работает в составе его комитета по бюджету и налогам. В 2005 году был избран председателем совета директоров ОАО «Вологодский станкостроительный завод». В этом же году стал вице-президентом Вологодского областного отделения РСПП. В 2007 году повторно избирается депутатом Законодательного Собрания по Центральному избирательному округу № 1 города Вологды. Становится заместителем председателя постоянного комитета по бюджету и налогам. С 2007 года Евгений является Секретарем Политсовета Вологодского городского отделения партии «Единая Россия».

В 2008 году, 12 октября, Евгений Шулепов был избран Главой города Вологды, приступил к работе 1 ноября 2008 года. Сложил свои полномочия 26 сентября 2016 года. В 2012 году Евгений Борисович Шулепов был выбран вице-президентом Союза городов Центра и Северо-Запада России и вошел в состав Совета при Президенте Российской Федерации по развитию местного самоуправления. На выборах 8 сентября 2013 года большинством голосов вновь избран Главой города Вологды. В ноябре 2013 года решением Ассоциации «Международная Ассамблея столиц и крупных городов» избран членом Правления - вице-президентом МАГ.

На выборах 18 сентября 2016 года Шулепов Евгений Борисович был избран Депутатом Государственной Думы VII созыва от избирательного округа 0085, Вологодский - Вологодская область. Член фракции «Единая Россия». Член комитета ГД по жилищной политике и жилищно-коммунальному хозяйству. Дата начала полномочий - 18 сентября 2016 года. В дальнейшем перешел в Комитет Государственной Думы по финансовому рынку.