Владимир Скулачев родился 21 февраля 1935 года в городе Москва. В 1952 году окончил с золотой медалью школу № 157. В 1957 году окончил биолого-почвенный факультет Московского государственного университета. Следом поступил в аспирантуру кафедры биохимии животных биолого-почвенного факультета. Существенную роль в формировании личности ученого оказали профессора МГУ С.Е. Северин - научный руководитель дипломной работы и кандидатской диссертации, и В.А. Энгельгардт.
С 1965 года по 1973 год Скулачев был заведующим отделом биоэнергетики Межфакультетской лаборатории биоорганической химии, с 1973 года - заведующий лабораторией биоорганической химии. Директор Института физико-химической биологии им. Белозерского, преобразованного из лаборатории в 1991 году. С 26 ноября 1974 года Владимир Петрович член-корреспондент АН СССР по Отделению биохимии, биофизики и химии физиологически активных соединений. С 15 декабря 1990 года академик Российской академии наук по Отделению биохимии, биофизики и химии физиологически активных соединений (биохимия).
В марте 1992 года был кандидатом на пост ректора МГУ. Член Российской Академии естественных наук, член Европейской Академии, президент клуба российских членов Европейской Академии, президент Всероссийского биохимического общества, председатель биоэнергетической организации России, действительный член Академии творчества. Доктор honoris causa Вильнюсского университета. LII Менделеевский чтец - 14 марта 1996 года. В 2002 году основал факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ и по сей день является его деканом.
С 2003 года Владимир Петрович Скулачев - организатор и руководитель междисциплинарного биомедицинского проекта «Ионы Скулачева», объединяющего около 300 отечественных и зарубежных ученых из десятков научно-исследовательских лабораторий и университетов. Цель данного проекта - разработка инновационных лекарственных препаратов, направленных на борьбу с различными возрастными патологиями организма и замедление процесса старения. В основу проекта положены идеи, выдвинутые Скулачевым еще в 1969 году.
Более 20 лет является главным редактором журнала «Биохимия», член редакционного совета журнала «Биофизика», член редакционного совета журнала «Молекулярная биология». В марте 2017 года вошел в состав Общественной палаты Российской Федерации.
Широкую известность получил своими исследованиями, публикациями и публичными выступлениями, направленными на победу над старением человеческого организма. Автор работ по окислительному фосфорилированию, биоэнергетике и изучению митохондрий, геронтологии. По данным института научной информации ISI Web of Knowledge является автором более 460 статей в научных журналах. Имеет самый высокий индекс цитирования среди всех биологов, работающих в России.
Им описано явление межмембранного переноса электронов, обнаружен эффект терморегуляторного разобщения окисления и фосфорилирования, доказано превращение химической и световой энергии в электрическую форму посредством белков внутриклеточных мембран, выяснено биологическое значение неравновесного распределения ионов Na и К между клеткой и средой, открыт новый тип энергетики живых организмов - «натриевый цикл». В последние годы научная деятельность В.П. Скулачева связана с изучением молекулярных механизмов процессов старения.
Владимир Петрович Скулачев - почетный президент Всероссийского общества биохимиков и молекулярных биологов, член Европейской академии и президент Клуба российских членов Европейской Академии. Лауреат премии Ленинского Комсомола, Государственной премии СССР, заслуженный профессор Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова.