Рустам Степаненко родился 19 июля 1963 года в городе Владикавказ, Республика Северная Осетия-Алания. Успешно окончил Рязанское Высшее Воздушно-Десантное Командное Дважды Краснознаменное училище имени Ленинского комсомола. Позднее, получил дополнительное образование, завершив курс обучения в Военной академии имени Фрунзе и Северо-Кавказской академии государственной службы.
Непосредственно по окончании военного училища, Степаненко продолжил службу в Воздушно-Десантных Войсках, где прошел должности от командира парашютно-десантного взвода до командира воздушно-десантного соединения.
С 1997 по 2001 год, являлся депутатом Городской думы города Волгодонск.
Затем, начиная с 2001 года, офицер проходил службу на различных руководящих должностях в Федеральной Службе Судебных Приставов, в том числе в должностях заместителя руководителя Главного управления по Ростовской области - заместителя главного судебного пристава Ростовской области и руководителя Управления по Волгоградской области - главного судебного пристава Волгоградской области.
Позже, с 2012 по 2017 год, служил в качестве заместителя директора Федеральной службы судебных приставов - заместителя главного судебного пристава Российской Федерации.
Указом Президента Российской Федерации от 21 августа 2017 года, Степаненко Рустам Алиевич назначен на должность заместителя директора Федеральной Службы Исполнения Наказаний Российской Федерации.
Действительный государственный советник юстиции Российской Федерации 2 класса. Почетный работник ФССП РФ. Кандидат юридических наук.
Отмечен государственными наградами и знаками отличия.
Орден Почета
Медаль ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени
Медаль «За боевые заслуги».