Том МакГрат родился 7 августа 1964 года в городе Линвуд, штат Вашингтон, в США. Изучал промышленный дизайн в Университете штата Вашингтон, затем посещал курсы анимации в Калифорнийском институте искусств.
После окончания курсов работал на телевидении в качестве художника-мультипликатора в фильмах Ральфа Бакши «Параллельный мир» и Джо Питки «Космический джэм». Он был художником раскадровки и режиссёром популярного сериала «Шоу Рена и Стимпи», художником по раскадровке в фильмах «Кошки против собак» и «Гринч - похититель Рождества» режиссёра Рона Ховарда.
Дебютировал в качестве режиссёра и сценариста, став, вместе с Эриком Дарнеллом, создателем фильма «Мадагаскар», где он также создал незабываемый отряд пингвинов и озвучил их лидера по имени Шкипер. Он также участвовал в работе над другими проектами киностудии DreamWorks - анимационными фильмами «Смывайся» и «Шрек Третий».