Томас Юнг родился 13 июня 1773 года в городе Милвертон, Англия. Через несколько месяцев после рождения, мальчика отдали деду по материнской линии Роберту Дэвису, купцу из Майнхеда. Дед, имевший классическое образование, первым распознал его экстраординарные способности. В два года Томас выучился читать по Библии и к четырехлетию прочитал ее дважды; кроме того, увлекся серьезной поэзией Поупа и Голдсмита, множество стихов которых знал наизусть.
К шестилетнему возрасту прочитал «Робинзона Крузо» и «Гулливера». Обладая разносторонними способностями и интересами, Юнг уже в восемь лет занимался геодезией и математикой. Подростком знал латынь, древнегреческий, итальянский и французский языки, изучал арабский язык, а также историю и ботанику. С 1792 по 1803 год в Лондоне, Эдинбурге, Геттингене, Кембридже изучал медицину. Затем занимался оптикой и акустикой.
В двадцать один год стал членом Лондонского королевского общества. С 1802 года на протяжении двадцати семи лет являлся его секретарем. До 1803 года выступал профессором Королевского института в Лондоне. Через год женился на Элизе Максвелл. С 1811 года до конца жизни работал врачом в больнице Святого Георгия в Лондоне. Одновременно с 1818 года занимал пост секретаря Бюро долгот и редактора «Мореходного календаря».
Научные интересы Юнга весьма разнообразны. Наиболее важные направления его работ: оптика, механика, физиология зрения, филология. Юнг написал около шестидесяти глав для приложения к четвертому изданию «Британской энциклопедии», главным образом биографии ученых. В работе «Наблюдения над процессом зрения» указал, что аккомодация глаза обусловлена изменением кривизны хрусталика.
Оптические наблюдения привели Юнга к мысли, что господствовавшая в то время корпускулярная теория света неверна. Ученый высказался в пользу волновой теории света. Его идеи вызвали возражения английских ученых и под их влиянием Юнг отказался от своего мнения. Однако в трактате по оптике и акустике «Опыты и проблемы по звуку и свету» вновь пришел к волновой теории света и впервые рассмотрел проблему суперпозиции волн. Дальнейшим развитием данной проблемы явилось открытие Юнгом принципа интерференции. Автором данного термина являлся также Юнг.
В докладе «Теория света и цветов», прочитанном Юнгом Королевскому обществу ученый дал объяснение колец Ньютона на основе интерференции и описал первые опыты по определению длин волн света. В работе «Опыты и исчисления, относящиеся к физической оптике» рассмотрел явления дифракции. После классических исследований Огюстена Френеля по интерференции поляризованного света Томас высказал гипотезу о поперечности световых колебаний. Далее разработал теорию цветного зрения, основанную на предположении о существовании в сетчатой оболочке глаза трех родов чувствительных волокон, реагирующих на три основных цвета.
В начале XIX века в двухтомном труде «Курс лекций по натуральной философии и механическому искусству» Юнг обобщил результаты своих теоретических и экспериментальных работ по физической оптике. Ученый изложил свои исследования по деформации сдвига, ввел числовую характеристику упругости при растяжении и сжатии: так называемый модуль Юнга. Впервые рассмотрел механическую работу как величину, пропорциональную энергии, под которой понимал величину, пропорциональную массе и квадрату скорости тела.
Помимо занятий наукой, известен также как хороший музыкант, знаток живописи и даже способный гимнаст. Юнг также доказывал родство языков индоевропейской семьи и в конце 1810-х годов опубликовал работу, в которой ввел сам термин «индоевропейские языки».
Ученый занимался также расшифровкой египетских иероглифов: определил значение некоторых знаков Розеттского камня. Именно Томас первым прочел имя великой Клеопатры на лондонском обелиске с острова Филы, обнаруженном Джованни Бельцони. Тем не менее, бессистемный подход Юнга к анализу египетских надписей привел к тому, что Юнг прочел всего около тридцати знаков, а полностью дешифровку осуществил Жан-Франсуа Шампольон.
Томас Юнг скончался 10 мая 1829 года в Женеве. Похоронен великий ученый в фамильном склепе Максвеллов в английском городе Фарнборо.
Первые биографии Юнга были написаны Хадсоном Герни («Мемуар о жизни Томаса Юнга, доктора медицины…», 1831), Франсуа Араго («Эвлогия Томасу Юнгу», 1835) и Джорджем Пикоком (1855, вышла вместе с собранием избранных сочинений). Тем не менее, к середине XIX века он был прочно забыт у себя на родине, и зачастую его вклад в разные отрасли науки осознавался с большим опозданием. По мнению Ф. Олдэма — автора его биографии как учёного-естественника (совместно с А. Вудом, 1954) — причина тому была в крайней закрытости и индивидуализме личности Юнга. При этом он переживал из-за утраты приоритета, но не предпринимал усилий, чтобы сделать своё имя более известным. Ему было свойственно распыляться, хотя любое из его открытий само по себе сделало бы его величиной в истории науки. В 2000-е годы биографией Юнга занимался Эндрю Робинсон, который в 2006 году опубликовал книгу «Последний человек, который знал всё». Биография Робинсона удостоилась благосклонных рецензий научного сообщества.
В 2002—2003 годах бристольским издательством Thoemmes Continuum были переизданы «Курс лекций» в 4 томах и три тома избранных сочинений с биографией Пикока.
В англоязычном мире сложилась традиция считать Томаса Юнга пионером в расшифровке древнеегипетской письменности. В публикациях, выходивших на протяжении XX века в США и Великобритании, вклад Юнга всегда выносился на первое место. В статье Ф. Гриффита, посвящённой столетнему юбилею дешифровки (перепечатана в «Журнале египетской археологии» в 1951 году), прямо утверждалось, что несмотря на отдельные ошибки, разработанный Юнгом метод вёл к безошибочной дешифровке иероглифики. По Гриффиту, до 1820—1821 года у Шампольона не было той основы, на которой возможно было создать теорию дешифровки, она появилась только после знакомства его со статьёй Юнга в «Британской энциклопедии». Автор воздерживался от оценок, ограничившись указанием на обвинения Юнга в плагиате и отрицания Шампольона, отметив, однако, что на фоне успехов Шампольона Юнг отказался публиковать отдельной книгой свои египтологические штудии. В статье Д. Аллена о предшественниках Шампольона утверждалось, что «вполне возможно, что Юнг опередил Шампольона». В российской и советской историографии приоритет Шампольона практически не подвергался оспариванию, за исключением «Краткой истории египтологии» В. Томсинова, в которой вклад Юнга в египтологию сравнивался с ролью братьев Райт в истории самолётостроения.