Николай Трифонов родился 25 декабря 1960 года в селе Бобровня, Брянская область. После окончания школы работал на производстве. Затем проходил службу в пограничных войсках. Впоследствии окончил вечернее отделение Всесоюзного заочного политехнического института. Занимал различные должности в ВЛКСМ.

В 1987 году Трифонов поступил на службу в органы внутренних дел. В 1988 году назначен заместителем начальника Трубчевского РОВД Брянской области. В 1997 году окончил Академию управления МВД России. В 2001 году стал заместителем начальника Управления внутренних дел Брянской области - начальником милиции общественной безопасности. Двенадцать раз находился в служебных командировках на территории Чеченской республики.

В 2004 году Николай Трифонов переведен на службу в Министерство внутренних дел России. С 2005 являлся заместителем начальника Департамента охраны общественного порядка МВД России - начальником управления анализа и выработки стратегических решений в области охраны общественного порядка. В 2009 году возглавил Управление Министерства внутренних дел Российской Федерации по Ярославской области.

Позднее в 2011 году Николаю Ивановичу присвоено специальное звание генерал-майора полиции. В 2018 году назначен начальником Главного управления Министерства внутренних дел Российской Федерации по Саратовской области.

В феврале 2019 года Трифонов получил воинское звание генерал-лейтенант. Награжден орденом Мужества, медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени.