Юрий Ушаков родился 13 марта 1947 года в городе Москва. В 1970 году, успешно окончил Московский государственный институт международных отношений и поступил на службу в Министерство Иностранных Дел СССР. В том же году, направлен в советское посольство в Дании.
Позднее, вернувшись в Москву, работал в Департаменте Скандинавских стран и в Генеральном секретариате Министерства Иностранных Дел СССР.
Затем, Ушаков получил дополнительное образование, завершив обучения на курсах по повышению квалификации в Дипломатической Академии, где защитил кандидатскую диссертацию на тему «внешняя политика стран северной Европы».
В период с 1986 по 1992 год, дипломат являлся советником-посланником посольства СССР, а после 1991 года - России в Дании.
С 1992 года, госслужащий занимал должность директора Департамента общеевропейского сотрудничества, Министерства иностранных дел Российской Федерации. В занимаемой должности отвечал за сотрудничество с ОБСЕ, ЕС, НАТО, ССАС, ЗЕС, Советом Европы и региональными европейскими организациями.
Далее, 13 мая 1996 года, Юрий Ушаков назначен постоянным представителем Российской Федерации при Организации по Безопасности и Сотрудничеству в Европе, расположенной в городе Вена, Австрия.
С 28 января 1998 года, служил заместителем Министра иностранных дел. Курировал вопросы взаимодействия с ООН, правовую и гуманитарную проблематику. Являлся Чрезвычайный и полномочный послом Российской Федерации в Соединенных Штатах Америки и по совместительству постоянный наблюдатель в Организации Американских Государств.
Впоследствии, 31 мая 2008 года, занял пост заместителя Руководителя Аппарата Правительства Российской Федерации.
Указом Президента России от 22 мая 2012 года, Ушаков Юрий Викторович назначен на должность помощника президента Российской Федерации. Курирует вопросы внешней политики. В июне 2018 года, государственный деятель переназначен на вышеуказанную должность.
Женат. Имеет дочь.