Андрей Ватутин родился 25 июля 1973 года в городе Москва. На становление личности большое влияние оказал отец, Владимир Алексеевич, талантливый журналист и редактор. Андрей часто оказывался с отцом на спортивных мероприятиях, интересовался спортом и даже думал о спортивной карьере. Но после школы поступил на факультет журналистики МГУ.
После окончания вуза, в 1995 году, Андрей Ватутин работал спортивным обозревателем ИТАР-ТАСС. В 1996 году сосредоточил внимание на баскетболе, заняв должность пресс-атташе Российской Федерации Баскетбола. В 2000 году назначен главным помощником директора в ПБК «Урал-Грейт» в городе Пермь. Там проработал два года. За это время клуб дважды становился чемпионом Российской Федерации.
В 2002 году Андрей Владимирович перешел в ЦСКА на должность заместителем гендиректора, проработав им четыре года. Скоро занял пост вице-президентом клуба ЦСКА. Руководство ни разу не пожалело о его назначении. За время работы Ватутина клуб ЦСКА являлся постоянным чемпионом Российской Федерации. В сезоне 2005/06 года «армейцы» выиграли трофей Евролиги, что произошло впервые в истории российского баскетбола.
Весной 2007 года занял должность гендиректором ЦСКА, а в июле назначается президентом. Дебютный для Ватутина сезон в качестве гендиректора ЦСКА получился идеальным - команда уверенно победила в «Финале четырех» Евролиги. В 2010 году команда одержала победу над «Кливлендом» в выставочном матче - первая победа европейского клуба во встрече с представителем НБА на площадке США.
Летом 2010 года грянул скандал вокруг судейства матчей серии плей-офф между московским «Динамо» и «Локомотивом-Кубанью». Клубы вышли из РФБ и создали Профессиональную баскетбольную лигу. Это был первый независимый официальный турнир в игровых видах, и его организация легла на менеджмент ЦСКА. Ватутин занял пост главы лиги. Профессиональная Баскетбольная Лига сумела привлечь титульного спонсора и провела два зрелищных сезона, которые надолго запомнились болельщикам. Также заслугой руководителя стало вхождение Профессиональной Баскетбольной Лиги в УЛЕБ-Союз европейских баскетбольных лиг. Такого признания российская организация удостоилась впервые в истории.
В 2012 году Профессиональная Баскетбольная Лига фактически вошла в структуру Единой лиги ВТБ, передав ей множество наработок. Ватутин, являвшийся вице-президентом Единой лиги с момента ее основания, покинул пост в августе 2014 года, оставшись на должности гендиректора.
В 2016 году во многом благодаря усилиям президента ПБК ЦСКА Андрея Владимировича Ватутина армейская команда в третий раз завоевала титул чемпионов Евролиги.
Награжден орденом Дружбы, орденом Почёта, медалями МО РФ и почетной грамотой Президента РФ. Является лауреатом премии Sport&Style Award в номинации «Менеджер года».