Виллем Корнелис Схаутен родился в 1567 году в городе Хорн, Нидерланды. С детства люби море. Неоднократно плавал в Ост-Индию. С 1615 по 1616 года вместе с Якобом Лемером руководил голландской торговой экспедицией к островам Малайского архипелага.

В конце мая 1615 года два судна, «Эндрахт» и «Горн», вышли в плавание из порта города Хорн и в начале декабря бросили якоря в бухте Пуэрто-Десеадо, на Патагонском побережье Южной Америки. Потеряв от возникшего пожара меньший корабль «Горн», Виллем провел «Эндрахт» к Огненной Земле. Пройдя по проливу между Огненной Землей, проливами Лемер и Дрейк, голландцы вышли из Атлантики в Тихий океан. Южная оконечность Южной Америки назвали мысом Горн, а на карте указали аргентинский остров Эстадос, принятый мореплавателем за часть Южного материка.

Направившись на север по Тихому океану параллельно западному побережью Южной Америки, Схаутен и Лемер затем пересекли океан в западном и северо-западном направлении, открыв в ходе плавания ряд островов в Океании. По достижении Малайского архипелага плавание «Эндрахта» прервали в городе Джакарта, Индонезия, агентами конкурирующей Ост-Индской компании за нарушение торговой монополии. Схаутена на судне компании отправили в Голландию, где его освободили.

В 1619 году написал отчет «Дневник, или Описание удивительного путешествия», изданный в городе Амстердам на французском языке. Позднее переиздавался около 40 раз, в том числе и на других языках. Также мореплаватель известен путешествиями в водах Новой Гвинеи, Австралии и острове Мадагаскар.

Виллем Корнелис Схаутен скончался в 1625 году в Республике Мадагаскар.

Именем Схаутена названы открытые им острова около северо-восточного побережья острова Новая Гвинея.