Ефим Водонос родился 1 февраля 1939 года в городе Звенигородка, Украина. В 1963 году окончил филологический факультет Саратовского государственного университета имени Н.Г. Чернышевского. С 1964 года три года работал учителем русского языка и литературы в средней общеобразовательной школе города Саратов.
С 1966 года работал в Радищевском музее. Сначала экскурсоводом, затем младшим научным сотрудником, а с сентября 1971 года занял должность заведующего отделом Русского искусства Саратовского государственного художественного музея имени А.Н. Радищева.
Заочное отделение факультета теории и истории искусства Санкт-Петербургского института живописи, скульптуры и архитектуры имени И.Е. Репина окончил в 1972 году. C 1975 года входит в состав Союза художников России.
Преподает русский язык и литературу, историю зарубежных литератур в Саратовском Педагогическом институте, историю искусства в Саратовской консерватории, на истфаке и филфаке СГУ, на архитектурном отделении Саратовского политехнического института, в Саратовском художественном училище. Круг научных интересов: русское искусство рубежа XIX-XX веков, художественная критика этого периода, культурная жизнь города Саратов 1920 года, а также 1970-2000 годов.
Ефим Исаакович является одним из составителей и научным редактором каталога музейного собрания русской живописи 18 - начала 20 веков, автор буклетов о Ф. Малявине, С. Коненкове, К. Петрове-Водкине, А. Головине, С. Судейкине. Им написаны предисловия к каталогам выставок А. Боголюбова, А. Скворцова, М. Полякова, В. Милашевского, П. Уткина Б. Давыдова, Е. Яли, Б. Ионайтиса, Г. Тугушева, Р. Мерцлина, выставки «Саратовские художники 1885-1985» и множество рекламных буклетов для выставок в саратовских галереях «Эстетика», «Феникс», «Белая», сценариев радио и телепередач, газетных статей и интервью.
Публиковались и выступления на конференциях: в городах Казань, Красноярск. В саратовских и столичных журналах и альманахах печатались статьи о выставках «Новые поступления из коллекции М.Ф. Глазунова» и «А. П. Боголюбов и европейский пейзаж его времени», А. Скворцова, П. Уткина, Е. Егорова, В. Зотова, Р. Мерцлина, А. Карнаухова. Статья В. Милашевского, а также публикация его «Записок пятилетнего», роман «Нелли».
Водонос издал книги «Выдающиеся мастера «Саратовской школы» в зеркале художественной критики 1900-1933 годов» и «Очерки художественной жизни Саратова эпохи «культурного взрыва»; монографию «Жизнь и творчество П.С. Уткина». Выпустил мемуарную книгу «Вспоминая и размышляя о Гущине». Опубликована рецензия на избранную поэзию и прозу Нонны Слепаковой, днями должна выйти рецензия на новую книгу о Павле Кузнецове.
За заслуги в профессиональной деятельности удостоен Почетного звания «Заслуженный деятель искусств Российской Федерации». Действительный член Академии Российского искусства и Российской академии художественной критики.