Михаил Вышегородцев родился 21 февраля 1962 года в поселке Алабушево, Московская область. В 1986 году окончил Московский авиационный институт по специальности «инженер-экономист». Позднее защитил диссертацию, получив ученую степень доктора экономических наук.

    Трудовую деятельность молодой человек начинал электромехаником по ремонту и обслуживанию ЭВМ на предприятиях города Москвы. Затем являлся секретарем комитета ВЛКСМ Центрального научно-исследовательского института «Волна». С 1987 по 1992 год находился в должности референта Советского райкома ВЛКСМ города Москвы.

В 1993 году Вышегородцев занял пост генерального директора акционерного общества ТБК «Спутник». Позднее стал генеральным директором ПО «БИНК». Также являлся советником префекта Юго-Западного административного округа Москвы по экономике, председателем общественно-экспертного совета ЮЗАО по вопросам малого предпринимательства.

С 1997 года Михаил Михайлович избирался депутатом Московской городской Думы второго и третьего созывов. В городской Думе второго созыва являлся председателем Бюджетно-финансовой комиссии, в Думе третьего созыва - заместителем Председателя Московской городской думы. Активно работал в комиссиях по предпринимательству, по законности и безопасности, по организации работы Думы, по жилищной политике и коммунальной реформе. 

Вышегородцев получил дополнительное образование, окончив в 2003 году Московский государственный институт международных отношений по специальности «юрист».

В период с 2005 по 2011 год Михаил Вышегородцев занимал пост министра правительства Москвы, руководителя Департамента поддержки и развития малого предпринимательства города Москвы. Впоследствии покинул свой пост в мэрии и возглавил департамент развития малого предпринимательства и инновационной деятельности в Торгово-промышленной палате.

Вышегородцев являлся членом «Единой России», после ухода из московского правительства прекратил членство в партии. С января 2013 года член партии «Гражданская платформа», руководитель Московского городского отделения партии. В январе 2014 года назначен на должность уполномоченного по правам предпринимателем города Москвы.